PlantPromoterDB promoter information of AT2G04378.2

Summary of Gene (AT2G04378.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G04378 TAIR NCBI
Gene model	AT2G04378.2
Description	beta-galactosidase; FUNCTIONS IN: beta-galactosidase activity; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system, beta-galactosidase complex; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 35 (InterPro:IPR001944); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: beta-galactosidase (TAIR:AT5G01080.1); Has 14 Blast hits to 14 proteins in 1 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 14; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 1527169-1525970)

`Genome position from initiation codon` `AT2G04378.1 TSS from cDNA TSS information AT2G04378.2 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G04380.1 AT2G04390.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G04378.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 30 - 1526701 -532

TSS peak C 8 - 1526230 -61

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	30	-	1526701	-532
TSS peak	`C`	8	-	1526230	-61

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 1526581 -412

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	1526581	-412

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CAGGCCCATGG - 1526876 1526886 -707 -717

AtREG370 CAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354 AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504   GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG507    GCCCATGG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

REG TTTTGGGCTTG - 1526908 1526918 -739 -749

AtREG529 TTTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG525    TGGGCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TTTTGGGCCAA - 1526933 1526943 -764 -774

AtREG529 TTTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG373 TTTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420   TTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484    TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG GCCTTTAA - 1526965 1526972 -796 -803

AtREG639 GCCTTTAA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG CCCATATA - 1526984 1526991 -815 -822

AtREG620 CCCATATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CAGGCCCATGG`		-	1526876	1526886	-707	-717
	AtREG370	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG504	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG507	`GCCCATGG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
REG	`TTTTGGGCTTG`		-	1526908	1526918	-739	-749
	AtREG529	`TTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG525	`TGGGCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`TTTTGGGCCAA`		-	1526933	1526943	-764	-774
	AtREG529	`TTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG484	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`GCCTTTAA`		-	1526965	1526972	-796	-803
	AtREG639	`GCCTTTAA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`CCCATATA`		-	1526984	1526991	-815	-822
	AtREG620	`CCCATATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 5 + 1527022 AT2G04390.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	5	+	1527022	AT2G04390.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 1527017 AT2G04390.1

TSS clone T clone + 1527023 AT2G04390.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	1527017	AT2G04390.1
TSS clone	`T`	clone	+	1527023	AT2G04390.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCTCTC + 1527033 1527040 AT2G04390.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCTCTC`	+	1527033	1527040	AT2G04390.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CCATGGGCCTG + 1526876 1526886 AT2G04390.1

AtREG507 CCATGGGC    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG504 CATGGGCC   PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370    TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG CAAGCCCAAAA + 1526908 1526918 AT2G04390.1

AtREG525 CAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407 AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469   AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG529    GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTGGCCCAAAA + 1526933 1526943 AT2G04390.1

AtREG484 TTGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420 TGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373   GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG529    GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTAAAGGC + 1526965 1526972 AT2G04390.1

AtREG639 TTAAAGGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif