PlantPromoterDB promoter information of AT2G05920.1

Summary of Gene (AT2G05920.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G05920 TAIR NCBI
Gene model	AT2G05920.1
Description	subtilase family protein; FUNCTIONS IN: identical protein binding, serine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis, negative regulation of catalytic activity; LOCATED IN: cell wall, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protease-associated PA (InterPro:IPR003137), Proteinase inhibitor, propeptide (InterPro:IPR009020), Peptidase S8 and S53, subtilisin, kexin, sedolisin (InterPro:IPR000209), Peptidase S8, subtilisin-related (InterPro:IPR015500), Proteinase inhibitor I9, subtilisin propeptide (InterPro:IPR010259); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ARA12; serine-type endopeptidase (TAIR:AT5G67360.1); Has 4370 Blast hits to 3848 proteins in 648 species: Archae - 130; Bacteria - 2232; Metazoa - 135; Fungi - 512; Plants - 867; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 494 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 2273207-2272008)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G05920.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G05920.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 26 - 2272227 -20

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	26	-	2272227	-20

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 2272278 -71

TSS clone C clone - 2272231 -24

TSS clone T clone - 2272229 -22

TSS clone C clone - 2272226 -19

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	2272278	-71
TSS clone	`C`	clone	-	2272231	-24
TSS clone	`T`	clone	-	2272229	-22
TSS clone	`C`	clone	-	2272226	-19

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTC - 2272179 2272203 28 4

Y Patch CTCTCTTCTTCTCT - 2272233 2272246 -26 -39

Y Patch CTTCTTCTTCTTCTTCTTCTT - 2272257 2272277 -50 -70

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTC`	-	2272179	2272203	28	4
Y Patch	`CTCTCTTCTTCTCT`	-	2272233	2272246	-26	-39
Y Patch	`CTTCTTCTTCTTCTTCTTCTT`	-	2272257	2272277	-50	-70
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TACGTGTCC - 2272334 2272342 -127 -135

AtREG557 TACGTGTC ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG472 ACGTGTCC ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

REG CTAACGGTCACACGT - 2272347 2272361 -140 -154

AtREG603 CTAACGGT        PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG588        TCACACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG AAATGGGCCTGA - 2272472 2272483 -265 -276

AtREG386 AAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370    TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG374     GGGCCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TACGTGTCC`		-	2272334	2272342	-127	-135
	AtREG557	`TACGTGTC`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG472	`ACGTGTCC`	ABA, DREB1Aox, Drought	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
REG	`CTAACGGTCACACGT`		-	2272347	2272361	-140	-154
	AtREG603	`CTAACGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG588	`TCACACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`AAATGGGCCTGA`		-	2272472	2272483	-265	-276
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG370	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG374	`GGGCCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None