PlantPromoterDB promoter information of AT2G07040

Summary of Gene (AT2G07040)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G07040 TAIR NCBI
Gene model	AT2G07040
Description	Pollen receptor kinase. Coexpression of AtPRK2a with AtRopGEF12 resulted in isotropic pollen tube growth.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 2894121-2895320)

`Genome position from initiation codon` `AT2G06990.1 TSS from cDNA TSS information AT2G07040 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G07040

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 2916538 -83

TSS clone peak T clone + 2916539 -82

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	2916538	-83
TSS clone peak	`T`	clone	+	2916539	-82

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCTCTCTTTCTTTCCT + 2916486 2916504 -135 -117

Y Patch TCTCCTTC + 2916566 2916573 -55 -48

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCTCTCTTTCTTTCCT`	+	2916486	2916504	-135	-117
Y Patch	`TCTCCTTC`	+	2916566	2916573	-55	-48
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAACCGGAA + 2916328 2916336 -293 -285

AtREG521 AAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG534 AACCGGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAACCGGAA`		+	2916328	2916336	-293	-285
	AtREG521	`AAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG534	`AACCGGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 5 + 2895013 AT2G06990.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	5	+	2895013	AT2G06990.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 2894978 AT2G06990.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	2894978	AT2G06990.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CAATTGGGCTCA + 2894786 2894797 AT2G06990.1

AtREG647 CAATTGGG     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG418 AATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402   ATTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG533    TTGGGCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG485     TGGGCTCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TAATTGGGCTTTT + 2894864 2894876 AT2G06990.1

AtREG600 TAATTGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG418 AATTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402   ATTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    TTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376     TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409      GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGAGCCCAATAG + 2894895 2894906 AT2G06990.1

AtREG485 TGAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG533 GAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402   AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355    GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG624     CCCAATAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTAAAGCCCAAAACGACA + 2894931 2894948 AT2G06990.1

AtREG545 TTAAAGCC           PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365 TAAAGCCC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    AAGCCCAA        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469     AGCCCAAA       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG529      GCCCAAAA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG520          AAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569           AAACGACA PPDB Motif PLACE Motif