version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G07040

Summary of Gene (AT2G07040)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G07040  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G07040  
Description Pollen receptor kinase. Coexpression of AtPRK2a with AtRopGEF12 resulted in isotropic pollen tube growth.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 2894271-2895470)

Genome position     
from initiation codon
AT2G06990.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT2G07040                        5'->3' (+)
Promoter sequence








 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G07040

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone+2916538-83
TSS clone peakTclone+2916539-82

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTCTCTCTTTCTTTCCT+29164862916504-135-117
Y PatchTCTCCTTC+29165662916573-55-48
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAAACCGGAA+29163282916336-293-285
 AtREG521AAACCGGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG534 AACCGGAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG5+2895013AT2G06990.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+2894978AT2G06990.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCAATTGGGCTCA+28947862894797AT2G06990.1
 AtREG647CAATTGGG     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG418 AATTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG402  ATTGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG533   TTGGGCTC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG485    TGGGCTCA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTAATTGGGCTTTT+28948642894876AT2G06990.1
 AtREG600TAATTGGG      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG418 AATTGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG402  ATTGGGCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407   TTGGGCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376    TGGGCTTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG409     GGGCTTTT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTGAGCCCAATAG+28948952894906AT2G06990.1
 AtREG485TGAGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG533 GAGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402  AGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG355   GCCCAATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG624    CCCAATAG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTAAAGCCCAAAACGACA+28949312894948AT2G06990.1
 AtREG545TTAAAGCC           PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG365 TAAAGCCC          PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376  AAAGCCCA         PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407   AAGCCCAA        PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG469    AGCCCAAA       PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG529     GCCCAAAA      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG520         AAAACGAC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569          AAACGACA PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.