version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G07040

Summary of Gene (AT2G07040)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G07040  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G07040  
Description Pollen receptor kinase. Coexpression of AtPRK2a with AtRopGEF12 resulted in isotropic pollen tube growth.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 2924271-2925470)

Genome position     
from initiation codon
AT2G07050.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT2G07040                        5'->3' (+)
Promoter sequence




 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G07040

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone+2916538-83
TSS clone peakTclone+2916539-82

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTCTCTCTTTCTTTCCT+29164862916504-135-117
Y PatchTCTCCTTC+29165662916573-55-48
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAAACCGGAA+29163282916336-293-285
 AtREG521AAACCGGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG534 AACCGGAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA8+2924457AT2G07050.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+2924447AT2G07050.1
TSS cloneAclone+2924448AT2G07050.1
TSS cloneTclone+2924453AT2G07050.1
TSS cloneTclone+2924485AT2G07050.1
TSS cloneAclone+2924504AT2G07050.1
TSS cloneAclone+2924622AT2G07050.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTCTTCTTC+29244852924495AT2G07050.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCACGTGACA+29243772924385AT2G07050.1
 AtREG583CACGTGAC  PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 
 AtREG606 ACGTGACAABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.