PlantPromoterDB promoter information of AT2G16500.1

Summary of Gene (AT2G16500.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G16500 TAIR NCBI
Gene model	AT2G16500.1
Description	encodes a arginine decarboxylase (ADC), a rate-limiting enzyme that catalyzes the first step of polyamine (PA) biosynthesis via ADC pathway in Arabidopsis thaliana. Arabidopsis genome has two ADC paralogs, ADC1 and ADC2. Double mutant analysis showed that ADC genes are essential for the production of PA, and are required for normal seed development. Promoter region of ADC1 contains 742-bp AT-rich transposable element, called AtATE, that belongs to the MITE families of repetitive elements.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 7153904-7152705)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G16500.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G16500.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 7153282 -378

TSS peak G 4 - 7153055 -151

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	7153282	-378
TSS peak	`G`	4	-	7153055	-151

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 7153339 -435

TSS clone A clone - 7153336 -432

TSS clone T clone - 7153250 -346

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	7153339	-435
TSS clone	`A`	clone	-	7153336	-432
TSS clone	`T`	clone	-	7153250	-346

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCCTTCT - 7153062 7153070 -158 -166

Y Patch CGTCTCTCTTCC - 7153308 7153319 -404 -415

Y Patch CTCTCTTCTT - 7153323 7153332 -419 -428

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCCTTCT`	-	7153062	7153070	-158	-166
Y Patch	`CGTCTCTCTTCC`	-	7153308	7153319	-404	-415
Y Patch	`CTCTCTTCTT`	-	7153323	7153332	-419	-428
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTCGGGTCGGGTCGGGTCG - 7153111 7153129 -207 -225

AtREG597 TTCGGGTC            PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG383 TCGGGTCGGGTCGGGTCG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG375   CGGGTCGGGTCGG     PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG442    GGGTCGGGTCGGG    PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG405     GGTCGGGTCGGGT   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG390      GTCGGGTCGGGTC PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

REG TAGGGCCCAAGCCCAAAA - 7153425 7153442 -521 -538

AtREG387 TAGGGCCC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG400 AGGGCCCA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392   GGGCCCAA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG505    GGCCCAAG        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG525        CAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407         AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469          AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG529           GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTCGGGTCGGGTCGGGTCG`		-	7153111	7153129	-207	-225
	AtREG597	`TTCGGGTC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG383	`TCGGGTCGGGTCGGGTCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG375	`CGGGTCGGGTCGG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG442	`GGGTCGGGTCGGG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG405	`GGTCGGGTCGGGT`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG390	`GTCGGGTCGGGTC`		PPDB Motif	`CCGAC, GGGACCC`	PLACE Motif	`CCGAC`
REG	`TAGGGCCCAAGCCCAAAA`		-	7153425	7153442	-521	-538
	AtREG387	`TAGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG400	`AGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG392	`GGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG505	`GGCCCAAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG525	`CAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG529	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None