PlantPromoterDB promoter information of AT2G16510.1

Summary of Gene (AT2G16510.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G16510 TAIR NCBI
Gene model	AT2G16510.1
Description	vacuolar ATP synthase 16 kDa proteolipid subunit 5 / V-ATPase 16 kDa proteolipid subunit 5 (AVAP5); FUNCTIONS IN: ATPase activity; INVOLVED IN: ATP synthesis coupled proton transport; LOCATED IN: plasma membrane, vacuole; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, F0/V0 complex, subunit C (InterPro:IPR002379), ATPase, V0 complex, proteolipid subunit C, eukaryotic (InterPro:IPR011555), ATPase, V0 complex, proteolipid subunit C (InterPro:IPR000245); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATVHA-C3 (VACUOLAR-TYPE H(+)-ATPASE C3); ATPase (TAIR:AT4G38920.1); Has 1813 Blast hits to 1633 proteins in 398 species: Archae - 127; Bacteria - 309; Metazoa - 519; Fungi - 314; Plants - 224; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 320 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 7161811-7160612)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G16510.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G16510.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 48 - 7160889 -78

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	48	-	7160889	-78

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 7160892 -81

TSS clone T clone - 7160888 -77

TSS clone A clone - 7160884 -73

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	7160892	-81
TSS clone	`T`	clone	-	7160888	-77
TSS clone	`A`	clone	-	7160884	-73

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCTCTCTCTCCCTCC - 7160853 7160870 -42 -59

Y Patch TTCTCTTCC - 7160894 7160902 -83 -91

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCTCTCTCTCCCTCC`	-	7160853	7160870	-42	-59
Y Patch	`TTCTCTTCC`	-	7160894	7160902	-83	-91
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCGACCCGGCCCAAAA - 7160950 7160965 -139 -154

AtREG539 TCGACCCG         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG494 CGACCCGG        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG404     CCCGGCCC     CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG457      CCGGCCCA    CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414       CGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373        GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG529         GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAAATGGGCTTTAA - 7160968 7160981 -157 -170

AtREG443 TAAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    ATGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376     TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365      GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG545       GGCTTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG AATAGCCCAT - 7161005 7161014 -194 -203

AtREG584 AATAGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG581   TAGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TATATGGG - 7161028 7161035 -217 -224

AtREG620 TATATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATAGCCCATTTA - 7161038 7161050 -227 -239

AtREG584 AATAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG581   TAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372    AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386     GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443      CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCCAATTA - 7161070 7161077 -259 -266

AtREG600 CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCGACCCGGCCCAAAA`		-	7160950	7160965	-139	-154
	AtREG539	`TCGACCCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG494	`CGACCCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG404	`CCCGGCCC`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG457	`CCGGCCCA`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG373	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG529	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAAATGGGCTTTAA`		-	7160968	7160981	-157	-170
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG545	`GGCTTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AATAGCCCAT`		-	7161005	7161014	-194	-203
	AtREG584	`AATAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG581	`TAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`TATATGGG`		-	7161028	7161035	-217	-224
	AtREG620	`TATATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AATAGCCCATTTA`		-	7161038	7161050	-227	-239
	AtREG584	`AATAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG581	`TAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CCCAATTA`		-	7161070	7161077	-259	-266
	AtREG600	`CCCAATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None