PlantPromoterDB promoter information of AT2G16640.1

Summary of Gene (AT2G16640.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G16640 TAIR NCBI
Gene model	AT2G16640.1
Description	MULTIMERIC TRANSLOCON COMPLEX IN THE OUTER ENVELOPE MEMBRANE 132 (TOC132); FUNCTIONS IN: transmembrane receptor activity; INVOLVED IN: protein targeting to chloroplast; LOCATED IN: chloroplast outer membrane, membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chloroplast protein import component Toc86/159 (InterPro:IPR005690), AIG1 (InterPro:IPR006703); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATTOC120; GTP binding (TAIR:AT3G16620.1); Has 6352 Blast hits to 4186 proteins in 415 species: Archae - 14; Bacteria - 449; Metazoa - 2396; Fungi - 635; Plants - 342; Viruses - 83; Other Eukaryotes - 2433 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 7216109-7214910)

`Genome position from initiation codon` `AT2G16650.1 TSS from cDNA TSS information AT2G16640.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G16640.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 6 - 7215554 -445

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	6	-	7215554	-445

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 7215553 -444

TSS clone A clone - 7215530 -421

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	7215553	-444
TSS clone	`A`	clone	-	7215530	-421

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTCTCTCTCTC - 7215505 7215518 -396 -409

Y Patch CCTTCTCTCT - 7215520 7215529 -411 -420

Y Patch TCTCCTTC - 7215591 7215598 -482 -489

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTCTCTCTCTC`	-	7215505	7215518	-396	-409
Y Patch	`CCTTCTCTCT`	-	7215520	7215529	-411	-420
Y Patch	`TCTCCTTC`	-	7215591	7215598	-482	-489
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GACCGTTG - 7215613 7215620 -504 -511

AtREG553 GACCGTTG Auxin PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG GTCCACGTCAGC - 7215686 7215697 -577 -588

AtREG513 GTCCACGT     ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG419   CCACGTCA   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG440    CACGTCAG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG515     ACGTCAGC SA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG TTAAACCGAA - 7215755 7215764 -646 -655

AtREG473 TTAAACCG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ACCGGGTT - 7215767 7215774 -658 -665

AtREG516 ACCGGGTT PPDB Motif PLACE Motif

REG CCAAACCGAA - 7215779 7215788 -670 -679

AtREG550 CCAAACCG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GACCGTTG`		-	7215613	7215620	-504	-511
	AtREG553	`GACCGTTG`	Auxin	PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`GTCCACGTCAGC`		-	7215686	7215697	-577	-588
	AtREG513	`GTCCACGT`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG419	`CCACGTCA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG440	`CACGTCAG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG515	`ACGTCAGC`	SA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`TTAAACCGAA`		-	7215755	7215764	-646	-655
	AtREG473	`TTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`ACCGGGTT`		-	7215767	7215774	-658	-665
	AtREG516	`ACCGGGTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCAAACCGAA`		-	7215779	7215788	-670	-679
	AtREG550	`CCAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None