version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G16750

Summary of Gene (AT2G16750)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G16750  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G16750  
Description protein kinase family protein; FUNCTIONS IN: protein serine/threonine kinase activity, protein kinase activity, kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, core (InterPro:IPR000719), Serine/threonine protein kinase-related (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like (InterPro:IPR011009), Serine/threonine protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: protein kinase family protein (TAIR:AT4G35030.2); Has 78634 Blast hits to 77772 proteins in 2243 species: Archae - 39; Bacteria - 7066; Metazoa - 34040; Fungi - 5682; Plants - 18147; Viruses - 374; Other Eukaryotes - 13286 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 7283136-7284335)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT2G16750                        5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT2G16780.1         
AT2G16790.1         
AT2G16790.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence










 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G16750

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4+7270996-790

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCATATAAAAC+72709597270968-827-818
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGCCGTTTA+72708077270814-979-972
 AtREG613GCCGTTTA PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGCTAAGCCC+72708407270847-946-939
 AtREG634CTAAGCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG10-7283630AT2G16780.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone-7283630AT2G16780.1
TSS cloneGclone-7283612AT2G16780.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAAACGGCA-72837217283729AT2G16780.1
 AtREG531AAAACGGC  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG500 AAACGGCA PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGGAATGGGCTTTACAGGCCCATAA-72837767283798AT2G16780.1
 AtREG643GAATGGGC                PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372 AATGGGCT               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378  ATGGGCTT              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376   TGGGCTTT             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG365    GGGCTTTA            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG433           ACAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG370            CAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354             AGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG364              GGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG394               GCCCATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.