PlantPromoterDB promoter information of AT2G16790.1

Summary of Gene (AT2G16790.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G16790 TAIR NCBI
Gene model	AT2G16790.1
Description	shikimate kinase family protein; FUNCTIONS IN: shikimate kinase activity, kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, LP.04 four leaves visible, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Shikimate kinase (InterPro:IPR000623), Carbohydrate kinase, thermoresistant glucokinase (InterPro:IPR006001); Has 1404 Blast hits to 1404 proteins in 546 species: Archae - 5; Bacteria - 1070; Metazoa - 44; Fungi - 102; Plants - 10; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 173 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 7285901-7284702)

`Genome position from initiation codon` `AT2G16790.2 TSS from cDNA TSS information AT2G16790.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G16800.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G16790.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 7285221 -320

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	7285221	-320

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 + 7285738 AT2G16800.1

TSS peak G 8 + 7285742 AT2G16800.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	+	7285738	AT2G16800.1
TSS peak	`G`	8	+	7285742	AT2G16800.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone + 7285736 AT2G16800.1

TSS clone A clone + 7285739 AT2G16800.1

TSS clone C clone + 7285757 AT2G16800.1

TSS clone C clone + 7285759 AT2G16800.1

TSS clone A clone + 7285778 AT2G16800.1

TSS clone T clone + 7285796 AT2G16800.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	+	7285736	AT2G16800.1
TSS clone	`A`	clone	+	7285739	AT2G16800.1
TSS clone	`C`	clone	+	7285757	AT2G16800.1
TSS clone	`C`	clone	+	7285759	AT2G16800.1
TSS clone	`A`	clone	+	7285778	AT2G16800.1
TSS clone	`T`	clone	+	7285796	AT2G16800.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCTTCCT + 7285757 7285766 AT2G16800.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCTTCCT`	+	7285757	7285766	AT2G16800.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None