PlantPromoterDB promoter information of AT2G17200.1

Summary of Gene (AT2G17200.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G17200 TAIR NCBI
Gene model	AT2G17200.1
Description	ubiquitin family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: protein modification process; EXPRESSED IN: male gametophyte, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Heat shock chaperonin-binding (InterPro:IPR006636), Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote (InterPro:IPR015940), Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal (InterPro:IPR000449), Ubiquilin (InterPro:IPR015496), Ubiquitin (InterPro:IPR000626), UBA-like (InterPro:IPR009060); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin family protein (TAIR:AT2G17190.1); Has 11842 Blast hits to 6071 proteins in 720 species: Archae - 6; Bacteria - 2895; Metazoa - 3957; Fungi - 1228; Plants - 1619; Viruses - 162; Other Eukaryotes - 1975 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 7486090-7484891)

`Genome position from initiation codon` `AT2G17210.1 TSS from cDNA TSS information AT2G17200.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G17200.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 21 - 7485216 -126

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	21	-	7485216	-126

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 7485233 -143

TSS clone A clone - 7485232 -142

TSS clone A clone - 7485215 -125

TSS clone C clone - 7485213 -123

TSS clone T clone - 7485212 -122

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	7485233	-143
TSS clone	`A`	clone	-	7485232	-142
TSS clone	`A`	clone	-	7485215	-125
TSS clone	`C`	clone	-	7485213	-123
TSS clone	`T`	clone	-	7485212	-122

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCTTC - 7485234 7485241 -144 -151

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCTTC`	-	7485234	7485241	-144	-151
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTGACCCGACCCGGT - 7485283 7485298 -193 -208

AtREG592 TTTGACCC         PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

AtREG617   TGACCCGA       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG390    GACCCGAC      PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

AtREG405     ACCCGACC     PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG442      CCCGACCC    PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG375       CCGACCCG   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG494        CGACCCGG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG463         GACCCGGT PPDB Motif AACCG(G/A), GGGACCC PLACE Motif

REG CGAACCGGGTT - 7485304 7485314 -214 -224

AtREG423 CGAACCGG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG455   AACCGGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG516    ACCGGGTT PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAAGCCCTTTGGGCCTCA - 7485382 7485400 -292 -310

AtREG365 TAAAGCCC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG373         TTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356          TTGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG447           TGGGCCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG587            GGGCCTCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTGACCCGACCCGGT`		-	7485283	7485298	-193	-208
	AtREG592	`TTTGACCC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`
	AtREG617	`TGACCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG390	`GACCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC, GGGACCC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG405	`ACCCGACC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG442	`CCCGACCC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG375	`CCGACCCG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG494	`CGACCCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG463	`GACCCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`CGAACCGGGTT`		-	7485304	7485314	-214	-224
	AtREG423	`CGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG455	`AACCGGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG516	`ACCGGGTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAAAGCCCTTTGGGCCTCA`		-	7485382	7485400	-292	-310
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG447	`TGGGCCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG587	`GGGCCTCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None