version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G17280

Summary of Gene (AT2G17280)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G17280  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G17280  
Description phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase family protein; FUNCTIONS IN: catalytic activity; INVOLVED IN: metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphoglycerate mutase (InterPro:IPR013078); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G64460.6); Has 378 Blast hits to 375 proteins in 79 species: Archae - 0; Bacteria - 21; Metazoa - 0; Fungi - 204; Plants - 73; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 80 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 7508024-7509223)

Genome position     
from initiation codon
AT2G17260.1         
AT2G17265.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT2G17280                        5'->3' (+)
Promoter sequence









 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G17280

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakCclone+7513254-20

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA42+7508572AT2G17265.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+7508507AT2G17265.1
TSS cloneAclone+7508572AT2G17265.1
TSS cloneTclone+7508573AT2G17265.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCTCTTATATATT+75085367508547AT2G17265.1
Y PatchCATCTCTCTCTT+75085297508540AT2G17265.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGACCGGTTCGGTT+75083947508405AT2G17265.1
 AtREG528ACCGGTTC     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG423 CCGGTTCG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG456  CGGTTCGG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG451   GGTTCGGT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG556    GTTCGGTT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGGTTCGGTTT+75084087508416AT2G17265.1
 AtREG556GTTCGGTT  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG568 TTCGGTTT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTAAACCGTTGGAT+75084217508434AT2G17265.1
 AtREG473TTAAACCG       PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG652 TAAACCGT      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG554     CCGTTGGA  PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG586      CGTTGGAT PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.