PlantPromoterDB promoter information of AT2G17280

Summary of Gene (AT2G17280)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G17280 TAIR NCBI
Gene model	AT2G17280
Description	phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase family protein; FUNCTIONS IN: catalytic activity; INVOLVED IN: metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphoglycerate mutase (InterPro:IPR013078); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G64460.6); Has 378 Blast hits to 375 proteins in 79 species: Archae - 0; Bacteria - 21; Metazoa - 0; Fungi - 204; Plants - 73; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 80 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 7508074-7509273)

`Genome position from initiation codon` `AT2G17260.1 AT2G17265.1 TSS from cDNA TSS information AT2G17280 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G17280

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone + 7513254 -20

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	+	7513254	-20

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 42 + 7508572 AT2G17265.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	42	+	7508572	AT2G17265.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 7508507 AT2G17265.1

TSS clone A clone + 7508572 AT2G17265.1

TSS clone T clone + 7508573 AT2G17265.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	7508507	AT2G17265.1
TSS clone	`A`	clone	+	7508572	AT2G17265.1
TSS clone	`T`	clone	+	7508573	AT2G17265.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTCTTATATATT + 7508536 7508547 AT2G17265.1

Y Patch CATCTCTCTCTT + 7508529 7508540 AT2G17265.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTCTTATATATT`	+	7508536	7508547	AT2G17265.1
Y Patch	`CATCTCTCTCTT`	+	7508529	7508540	AT2G17265.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ACCGGTTCGGTT + 7508394 7508405 AT2G17265.1

AtREG528 ACCGGTTC     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423 CCGGTTCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG456   CGGTTCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451    GGTTCGGT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG556     GTTCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GTTCGGTTT + 7508408 7508416 AT2G17265.1

AtREG556 GTTCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568 TTCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTAAACCGTTGGAT + 7508421 7508434 AT2G17265.1

AtREG473 TTAAACCG       PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG652 TAAACCGT      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG554      CCGTTGGA PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG586       CGTTGGAT PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif