PlantPromoterDB promoter information of AT2G17500

Summary of Gene (AT2G17500)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G17500 TAIR NCBI
Gene model	AT2G17500
Description	auxin efflux carrier family protein; FUNCTIONS IN: auxin:hydrogen symporter activity; INVOLVED IN: auxin polar transport; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Auxin efflux carrier (InterPro:IPR004776); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: auxin efflux carrier family protein (TAIR:AT5G65980.1); Has 400 Blast hits to 390 proteins in 87 species: Archae - 2; Bacteria - 24; Metazoa - 0; Fungi - 152; Plants - 180; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 42 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 7606063-7607262)

`Genome position from initiation codon` `AT2G17500.1 AT2G17500.2 AT2G17500.3 AT2G17500.4 TSS from cDNA TSS information AT2G17500 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G17500

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 31 + 7606914 -149

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	31	+	7606914	-149

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 7606784 -279

TSS clone G clone + 7606914 -149

TSS clone C clone + 7606915 -148

TSS clone T clone + 7606916 -147

TSS clone T clone + 7606926 -137

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	7606784	-279
TSS clone	`G`	clone	+	7606914	-149
TSS clone	`C`	clone	+	7606915	-148
TSS clone	`T`	clone	+	7606916	-147
TSS clone	`T`	clone	+	7606926	-137

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTTATATATAAATGTGTATA + 7606876 7606895 -187 -168

Y Patch TTTCTCTCTTCTC + 7606929 7606941 -134 -122

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTTATATATAAATGTGTATA`	+	7606876	7606895	-187	-168
Y Patch	`TTTCTCTCTTCTC`	+	7606929	7606941	-134	-122
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGGTCAAA + 7606715 7606722 -348 -341

AtREG592 GGGTCAAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGGTCAAA`		+	7606715	7606722	-348	-341
	AtREG592	`GGGTCAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None