PlantPromoterDB promoter information of AT2G17670.2

Summary of Gene (AT2G17670.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G17670 TAIR NCBI
Gene model	AT2G17670.2
Description	pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: MEE40 (maternal effect embryo arrest 40) (TAIR:AT3G53700.1); Has 19381 Blast hits to 5780 proteins in 170 species: Archae - 5; Bacteria - 14; Metazoa - 420; Fungi - 382; Plants - 17857; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 703 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 7673420-7674619)

`Genome position from initiation codon` `AT2G17660.1 AT2G17670.1 TSS from cDNA TSS information AT2G17670.2 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G17670.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 7674369 -51

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	7674369	-51

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 7674345 -75

TSS clone A clone + 7674351 -69

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	7674345	-75
TSS clone	`A`	clone	+	7674351	-69

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTGGGCT + 7674081 7674088 -339 -332

AtREG469 TTTGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AAAAGCCCAATAGGCCCAATG + 7674096 7674116 -324 -304

AtREG409 AAAAGCCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   AAGCCCAA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402    AGCCCAAT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355     GCCCAATA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG624      CCCAATAG         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG424         AATAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG362          ATAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358           TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356            AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352             GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG461              GCCCAATG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTTGGGCCGAT + 7674220 7674230 -200 -190

AtREG373 TTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414 TTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG393   TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG555    GGGCCGAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG CAAGCCCAATAGGCCCAATG + 7674236 7674255 -184 -165

AtREG525 CAAGCCCA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407 AAGCCCAA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402   AGCCCAAT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355    GCCCAATA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG624     CCCAATAG         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG424        AATAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG362         ATAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358          TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356           AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352            GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG461             GCCCAATG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTGCCACG + 7674258 7674265 -162 -155

AtREG452 TTGCCACG PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTGGGCT`		+	7674081	7674088	-339	-332
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`AAAAGCCCAATAGGCCCAATG`		+	7674096	7674116	-324	-304
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG624	`CCCAATAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG424	`AATAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG362	`ATAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG461	`GCCCAATG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTTGGGCCGAT`		+	7674220	7674230	-200	-190
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG393	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG555	`GGGCCGAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`CAAGCCCAATAGGCCCAATG`		+	7674236	7674255	-184	-165
	AtREG525	`CAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG624	`CCCAATAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG424	`AATAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG362	`ATAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG461	`GCCCAATG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTGCCACG`		+	7674258	7674265	-162	-155
	AtREG452	`TTGCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None