PlantPromoterDB promoter information of AT2G17880

Summary of Gene (AT2G17880)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G17880 TAIR NCBI
Gene model	AT2G17880
Description	DNAJ heat shock protein, putative; FUNCTIONS IN: heat shock protein binding; INVOLVED IN: protein folding; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Molecular chaperone, heat shock protein, Hsp40, DnaJ (InterPro:IPR015609), Heat shock protein DnaJ, N-terminal (InterPro:IPR001623); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein (J11) (TAIR:AT4G36040.1); Has 13518 Blast hits to 13518 proteins in 1859 species: Archae - 87; Bacteria - 4830; Metazoa - 2737; Fungi - 1089; Plants - 967; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 3803 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 7768658-7767459)

`Genome position from initiation codon` `AT2G17880.1 TSS from cDNA TSS information AT2G17880 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G17880

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 49 - 7767725 -67

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	49	-	7767725	-67

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 7767725 -67

TSS clone C clone - 7767724 -66

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	7767725	-67
TSS clone	`C`	clone	-	7767724	-66

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCCCTATAAATA - 7767753 7767764 -95 -106

Y Patch CTTCTTCC - 7767763 7767770 -105 -112

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCCCTATAAATA`	-	7767753	7767764	-95	-106
Y Patch	`CTTCTTCC`	-	7767763	7767770	-105	-112
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTTAACCGGAC - 7767837 7767847 -179 -189

AtREG605 CTTAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG501 TTAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG621   TAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG573    AACCGGAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AACCCGGTTCG - 7767854 7767864 -196 -206

AtREG516 AACCCGGT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG455 ACCCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423    CCGGTTCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CCCATTAT - 7767930 7767937 -272 -279

AtREG546 CCCATTAT PPDB Motif PLACE Motif

REG ATTGCCAC - 7767977 7767984 -319 -326

AtREG654 ATTGCCAC PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTTAACCGGAC`		-	7767837	7767847	-179	-189
	AtREG605	`CTTAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG501	`TTAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG621	`TAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG573	`AACCGGAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AACCCGGTTCG`		-	7767854	7767864	-196	-206
	AtREG516	`AACCCGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG455	`ACCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG423	`CCGGTTCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CCCATTAT`		-	7767930	7767937	-272	-279
	AtREG546	`CCCATTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATTGCCAC`		-	7767977	7767984	-319	-326
	AtREG654	`ATTGCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None