PlantPromoterDB promoter information of AT2G17975.1

Summary of Gene (AT2G17975.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G17975 TAIR NCBI
Gene model	AT2G17975.1
Description	zinc finger (Ran-binding) family protein; FUNCTIONS IN: binding, zinc ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RanBP2-type (InterPro:IPR001876); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (Ran-binding) family protein (TAIR:AT5G25490.1); Has 893 Blast hits to 535 proteins in 114 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 304; Fungi - 62; Plants - 313; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 214 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 7824970-7823771)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G17975.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G17980.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G17975.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 7824027 -57

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	7824027	-57

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 7824052 -82

TSS clone A clone - 7824022 -52

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	7824052	-82
TSS clone	`A`	clone	-	7824022	-52

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTCTTTCTTTCTCCTCTCT - 7824028 7824050 -58 -80

Y Patch CTTTCTTC - 7824053 7824060 -83 -90

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTCTTTCTTTCTCCTCTCT`	-	7824028	7824050	-58	-80
Y Patch	`CTTTCTTC`	-	7824053	7824060	-83	-90
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTGGCCCAG - 7824067 7824075 -97 -105

AtREG445 GTGGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

AtREG458 TGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TTAATGGGCCTAATGGGCCTAG - 7824092 7824113 -122 -143

AtREG396 TTAATGGG               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358     TGGGCCTA TGGGCCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360      GGGCCTAA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG506       GGCCTAAT         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG558          CTAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG475               GGGCCTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG ATTGCCAC - 7824153 7824160 -183 -190

AtREG654 ATTGCCAC PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG ATCCAACG - 7824260 7824267 -290 -297

AtREG586 ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG CAAAACGC - 7824270 7824277 -300 -307

AtREG585 CAAAACGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTGGCCCAG`		-	7824067	7824075	-97	-105
	AtREG445	`GTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GCCAC, GGGCC, TGGGCY`
	AtREG458	`TGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`TTAATGGGCCTAATGGGCCTAG`		-	7824092	7824113	-122	-143
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG506	`GGCCTAAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG558	`CTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG475	`GGGCCTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`ATTGCCAC`		-	7824153	7824160	-183	-190
	AtREG654	`ATTGCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`ATCCAACG`		-	7824260	7824267	-290	-297
	AtREG586	`ATCCAACG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`CAAAACGC`		-	7824270	7824277	-300	-307
	AtREG585	`CAAAACGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`CAAAACGC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 18 + 7824155 AT2G17980.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	18	+	7824155	AT2G17980.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone + 7824166 AT2G17980.1

TSS clone A clone + 7824169 AT2G17980.1

TSS clone A clone + 7824175 AT2G17980.1

TSS clone T clone + 7824176 AT2G17980.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	+	7824166	AT2G17980.1
TSS clone	`A`	clone	+	7824169	AT2G17980.1
TSS clone	`A`	clone	+	7824175	AT2G17980.1
TSS clone	`T`	clone	+	7824176	AT2G17980.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTTC + 7824129 7824136 AT2G17980.1

Y Patch TCCTTCTCTTC + 7824138 7824148 AT2G17980.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTTC`	+	7824129	7824136	AT2G17980.1
Y Patch	`TCCTTCTCTTC`	+	7824138	7824148	AT2G17980.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CTGGGCCAC + 7824067 7824075 AT2G17980.1

AtREG458 CTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG445 TGGGCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

REG CTAGGCCCATTAGGCCCATTAA + 7824092 7824113 AT2G17980.1

AtREG475 CTAGGCCC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358 TAGGCCCA TAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357     GCCCATTA GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG558      CCCATTAG          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG506         ATTAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360          TTAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG396               CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG