PlantPromoterDB promoter information of AT2G17980.1

Summary of Gene (AT2G17980.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G17980 TAIR NCBI
Gene model	AT2G17980.1
Description	member of SLY1 Gene Family

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 7823352-7824551)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G17980.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G17975.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G17980.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 18 + 7824155 -197

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	18	+	7824155	-197

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 7824166 -186

TSS clone A clone + 7824169 -183

TSS clone A clone + 7824175 -177

TSS clone T clone + 7824176 -176

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	7824166	-186
TSS clone	`A`	clone	+	7824169	-183
TSS clone	`A`	clone	+	7824175	-177
TSS clone	`T`	clone	+	7824176	-176

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTTC + 7824129 7824136 -223 -216

Y Patch TCCTTCTCTTC + 7824138 7824148 -214 -204

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTTC`	+	7824129	7824136	-223	-216
Y Patch	`TCCTTCTCTTC`	+	7824138	7824148	-214	-204
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTGGGCCAC + 7824067 7824075 -285 -277

AtREG458 CTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG445 TGGGCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

REG CTAGGCCCATTAGGCCCATTAA + 7824092 7824113 -260 -239

AtREG475 CTAGGCCC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358 TAGGCCCA TAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357     GCCCATTA GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG558      CCCATTAG          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG506         ATTAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360          TTAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG396               CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTGGGCCAC`		+	7824067	7824075	-285	-277
	AtREG458	`CTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG445	`TGGGCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GCCAC, GGGCC, TGGGCY`
REG	`CTAGGCCCATTAGGCCCATTAA`		+	7824092	7824113	-260	-239
	AtREG475	`CTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG558	`CCCATTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG506	`ATTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 - 7824027 AT2G17975.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	-	7824027	AT2G17975.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 7824052 AT2G17975.1

TSS clone A clone - 7824022 AT2G17975.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	7824052	AT2G17975.1
TSS clone	`A`	clone	-	7824022	AT2G17975.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTCTTTCTTTCTCCTCTCT - 7824028 7824050 AT2G17975.1

Y Patch CTTTCTTC - 7824053 7824060 AT2G17975.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTCTTTCTTTCTCCTCTCT`	-	7824028	7824050	AT2G17975.1
Y Patch	`CTTTCTTC`	-	7824053	7824060	AT2G17975.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GTGGCCCAG - 7824067 7824075 AT2G17975.1

AtREG445 GTGGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

AtREG458 TGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TTAATGGGCCTAATGGGCCTAG - 7824092 7824113 AT2G17975.1

AtREG396 TTAATGGG               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358     TGGGCCTA TGGGCCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360      GGGCCTAA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG506       GGCCTAAT         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG558          CTAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG475               GGGCCTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG ATTGCCAC - 7824153 7824160 AT2G17975.1

AtREG654 ATTGCCAC PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG ATCCAACG - 7824260 7824267 AT2G17975.1

AtREG586 ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG CAAAACGC - 7824270 7824277 AT2G17975.1

AtREG585 CAAAACGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC