PlantPromoterDB promoter information of AT2G18400

Summary of Gene (AT2G18400)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G18400 TAIR NCBI
Gene model	AT2G18400
Description	ribosomal protein L6 family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: ribosome, intracellular, large ribosomal subunit; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L6 (InterPro:IPR000702), Ribosomal protein L6, conserved site-1 (InterPro:IPR002358); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: emb2394 (embryo defective 2394); structural constituent of ribosome (TAIR:AT1G05190.1); Has 5053 Blast hits to 5053 proteins in 1481 species: Archae - 1; Bacteria - 2961; Metazoa - 3; Fungi - 77; Plants - 71; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1940 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 7990973-7989774)

`Genome position from initiation codon` `AT2G18400.1 TSS from cDNA TSS information AT2G18400 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G18410.1 AT2G18410.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G18400

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 7990578 -605

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	7990578	-605

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 7990578 -605

TSS clone A clone - 7990563 -590

TSS clone G clone - 7990560 -587

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	7990578	-605
TSS clone	`A`	clone	-	7990563	-590
TSS clone	`G`	clone	-	7990560	-587

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGTGCCGTTTT - 7990619 7990629 -646 -656

AtREG522 CGTGCCGT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG500   TGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG531    GCCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG AGCCCACTGGGCTTTG - 7990662 7990677 -689 -704

AtREG510 AGCCCACT         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376        TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG559         GGGCTTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGGCTTTTGGGCTTTAT - 7990683 7990699 -710 -726

AtREG409 GGGCTTTT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG529     TTTTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469      TTTGGGCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407       TTGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376        TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365         GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601          GGCTTTAT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGTGCCGTTTT`		-	7990619	7990629	-646	-656
	AtREG522	`CGTGCCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG500	`TGCCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG531	`GCCGTTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`AGCCCACTGGGCTTTG`		-	7990662	7990677	-689	-704
	AtREG510	`AGCCCACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG559	`GGGCTTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGGCTTTTGGGCTTTAT`		-	7990683	7990699	-710	-726
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG529	`TTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG601	`GGCTTTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None