PlantPromoterDB promoter information of AT2G18465.1

Summary of Gene (AT2G18465.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G18465 TAIR NCBI
Gene model	AT2G18465.1
Description	DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein; FUNCTIONS IN: heat shock protein binding; INVOLVED IN: protein folding; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Molecular chaperone, heat shock protein, Hsp40, DnaJ (InterPro:IPR015609), Heat shock protein DnaJ, N-terminal (InterPro:IPR001623); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein (TAIR:AT2G42080.1); Has 685 Blast hits to 685 proteins in 152 species: Archae - 6; Bacteria - 112; Metazoa - 268; Fungi - 15; Plants - 75; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 209 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 8005742-8004543)

`Genome position from initiation codon` `AT2G18470.1 TSS from cDNA TSS information AT2G18465.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G18465.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak C 4 - 8004828 -86

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`C`	4	-	8004828	-86

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 8004844 -102

TSS clone A clone - 8004825 -83

TSS clone T clone - 8004767 -25

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	8004844	-102
TSS clone	`A`	clone	-	8004825	-83
TSS clone	`T`	clone	-	8004767	-25

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCTTT - 8004814 8004822 -72 -80

Y Patch TTCTTCCTC - 8004826 8004834 -84 -92

Y Patch CGTCTCTCCC - 8004837 8004846 -95 -104

Y Patch CCTCTTCTCC - 8004849 8004858 -107 -116

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCTTT`	-	8004814	8004822	-72	-80
Y Patch	`TTCTTCCTC`	-	8004826	8004834	-84	-92
Y Patch	`CGTCTCTCCC`	-	8004837	8004846	-95	-104
Y Patch	`CCTCTTCTCC`	-	8004849	8004858	-107	-116
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAAACCGGTCCGGTTA - 8004888 8004904 -146 -162

AtREG473 TTAAACCG          PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 TAAACCGG         PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436   AAACCGGT        PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG552    AACCGGTC       PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG573         GTCCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG621          TCCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG AAACCGAAC - 8004933 8004941 -191 -199

AtREG568 AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG556 AACCGAAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GGCTTTAT - 8005005 8005012 -263 -270

AtREG601 GGCTTTAT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAAACCGGTCCGGTTA`		-	8004888	8004904	-146	-162
	AtREG473	`TTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`TAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`AAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG552	`AACCGGTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG573	`GTCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG621	`TCCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`AAACCGAAC`		-	8004933	8004941	-191	-199
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GGCTTTAT`		-	8005005	8005012	-263	-270
	AtREG601	`GGCTTTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None