version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G19080.1

Summary of Gene (AT2G19080.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G19080  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G19080.1  
Description metaxin-related; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: protein targeting to mitochondrion; LOCATED IN: mitochondrial outer membrane, mitochondrion, mitochondrial inner membrane, plastid; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Metaxin (InterPro:IPR017410); Has 384 Blast hits to 384 proteins in 77 species: Archae - 0; Bacteria - 46; Metazoa - 295; Fungi - 14; Plants - 20; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 8261818-8263017)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT2G19080.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence











 
AT2G19070.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G19080.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA2+8262763-55

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone+8262757-61
TSS cloneCclone+8262764-54

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTCTCTTCTC+82627208262731-98-87
Y PatchCATCTCTCTCT+82627368262746-82-72
Y PatchCTTCTTCTTCTT+82627728262783-46-35
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCTTAATGGG+82626088262616-210-202
 AtREG604CTTAATGG  PPDB Motif  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG396 TTAATGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
REGTGTGGGCCTTTTAAAGCCCAAAA+82626228262644-196-174
 AtREG612TGTGGGCC               DREB1Aox PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG482 GTGGGCCT               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG353  TGGGCCTT              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG359   GGGCCTTT             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG459    GGCCTTTT            PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG545          TTAAAGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG365           TAAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376            AAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407             AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG469              AGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG529               GCCCAAAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAACCCGACCGACT+82626768262688-142-130
 AtREG580AACCCGAC      PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG405 ACCCGACC     PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG638     GACCGACTDREB1Aox, ABA PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC, RCCGAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone-8261985AT2G19070.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.