PlantPromoterDB promoter information of AT2G19080.1

Summary of Gene (AT2G19080.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G19080 TAIR NCBI
Gene model	AT2G19080.1
Description	metaxin-related; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: protein targeting to mitochondrion; LOCATED IN: mitochondrial outer membrane, mitochondrion, mitochondrial inner membrane, plastid; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Metaxin (InterPro:IPR017410); Has 384 Blast hits to 384 proteins in 77 species: Archae - 0; Bacteria - 46; Metazoa - 295; Fungi - 14; Plants - 20; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 8261818-8263017)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G19080.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G19070.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G19080.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 8262763 -55

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	8262763	-55

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 8262757 -61

TSS clone C clone + 8262764 -54

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	8262757	-61
TSS clone	`C`	clone	+	8262764	-54

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTCTTCTC + 8262720 8262731 -98 -87

Y Patch CATCTCTCTCT + 8262736 8262746 -82 -72

Y Patch CTTCTTCTTCTT + 8262772 8262783 -46 -35

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTCTTCTC`	+	8262720	8262731	-98	-87
Y Patch	`CATCTCTCTCT`	+	8262736	8262746	-82	-72
Y Patch	`CTTCTTCTTCTT`	+	8262772	8262783	-46	-35
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTTAATGGG + 8262608 8262616 -210 -202

AtREG604 CTTAATGG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG396 TTAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG TGTGGGCCTTTTAAAGCCCAAAA + 8262622 8262644 -196 -174

AtREG612 TGTGGGCC                DREB1Aox PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG482 GTGGGCCT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353   TGGGCCTT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359    GGGCCTTT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG459     GGCCTTTT            PPDB Motif PLACE Motif

AtREG545           TTAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365            TAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376             AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407              AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469               AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG529                GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AACCCGACCGACT + 8262676 8262688 -142 -130

AtREG580 AACCCGAC      PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG405 ACCCGACC     PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG638      GACCGACT DREB1Aox, ABA PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTTAATGGG`		+	8262608	8262616	-210	-202
	AtREG604	`CTTAATGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`TGTGGGCCTTTTAAAGCCCAAAA`		+	8262622	8262644	-196	-174
	AtREG612	`TGTGGGCC`	DREB1Aox	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG482	`GTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG545	`TTAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG529	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AACCCGACCGACT`		+	8262676	8262688	-142	-130
	AtREG580	`AACCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG405	`ACCCGACC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG638	`GACCGACT`	DREB1Aox, ABA	PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC, RCCGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone - 8261985 AT2G19070.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	8261985	AT2G19070.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None