PlantPromoterDB promoter information of AT2G19270.1

Summary of Gene (AT2G19270.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G19270 TAIR NCBI
Gene model	AT2G19270.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mitotic checkpoint protein PRCC, C-terminal (InterPro:IPR018800); Has 1029 Blast hits to 488 proteins in 117 species: Archae - 0; Bacteria - 14; Metazoa - 432; Fungi - 124; Plants - 39; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 420 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 8362907-8361708)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G19270.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G19280.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G19270.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 8361948 -41

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	8361948	-41

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 8361955 -48

TSS clone A clone - 8361954 -47

TSS clone C clone - 8361950 -43

TSS clone A clone - 8361947 -40

TSS clone T clone - 8361937 -30

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	8361955	-48
TSS clone	`A`	clone	-	8361954	-47
TSS clone	`C`	clone	-	8361950	-43
TSS clone	`A`	clone	-	8361947	-40
TSS clone	`T`	clone	-	8361937	-30

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CATATAAATA - 8361982 8361991 -75 -84

Y Patch TCTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT - 8361911 8361945 -4 -38

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CATATAAATA`	-	8361982	8361991	-75	-84
Y Patch	`TCTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT`	-	8361911	8361945	-4	-38
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAAAGCCCATA - 8361988 8361999 -81 -92

AtREG589 AAAAAGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409 AAAAGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    AAGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477     AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AAATGGGCTTTTAAATGGG - 8362016 8362034 -109 -127

AtREG386 AAATGGGC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409     GGGCTTTT        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549      GGCTTTTA       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG443            TAAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTTGGGCCAT - 8362065 8362075 -158 -168

AtREG421 ATTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG373 TTTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420   TTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG437    TGGGCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG CTTATTGG - 8362192 8362199 -285 -292

AtREG611 CTTATTGG PPDB Motif PLACE Motif

REG CGAACCGGTTTT - 8362225 8362236 -318 -329

AtREG423 CGAACCGG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG528 GAACCGGT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436    ACCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG542     CCGGTTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAAAGCCCATA`		-	8361988	8361999	-81	-92
	AtREG589	`AAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`AAATGGGCTTTTAAATGGG`		-	8362016	8362034	-109	-127
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATTTGGGCCAT`		-	8362065	8362075	-158	-168
	AtREG421	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG437	`TGGGCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`CTTATTGG`		-	8362192	8362199	-285	-292
	AtREG611	`CTTATTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CGAACCGGTTTT`		-	8362225	8362236	-318	-329
	AtREG423	`CGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG528	`GAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`ACCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG542	`CCGGTTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone + 8362435 AT2G19280.1

TSS clone peak G clone + 8362436 AT2G19280.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	8362435	AT2G19280.1
TSS clone peak	`G`	clone	+	8362436	AT2G19280.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None