PlantPromoterDB promoter information of AT2G19310

Summary of Gene (AT2G19310)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G19310 TAIR NCBI
Gene model	AT2G19310
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to oxidative stress, response to high light intensity, response to hydrogen peroxide, response to heat; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: HSP20-like chaperone (InterPro:IPR008978); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: HSP18.2 (heat shock protein 18.2) (TAIR:AT5G59720.1); Has 527 Blast hits to 527 proteins in 67 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 34; Plants - 479; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 14 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 8371380-8370181)

`Genome position from initiation codon` `AT2G19310.1 AT2G19320.1 TSS from cDNA TSS information AT2G19310 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G19310

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 8370454 -74

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	8370454	-74

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 8370395 -15

TSS clone T clone - 8370394 -14

TSS clone A clone - 8370393 -13

TSS clone G clone - 8370392 -12

TSS clone A clone - 8370391 -11

TSS clone A clone - 8370386 -6

TSS clone A clone - 8370383 -3

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	8370395	-15
TSS clone	`T`	clone	-	8370394	-14
TSS clone	`A`	clone	-	8370393	-13
TSS clone	`G`	clone	-	8370392	-12
TSS clone	`A`	clone	-	8370391	-11
TSS clone	`A`	clone	-	8370386	-6
TSS clone	`A`	clone	-	8370383	-3

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTAGGCCCAGT - 8370501 8370511 -121 -131

AtREG475 CTAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358 TAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG410   AGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG384    GGCCCAGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG AAAAGGCCTTTTCTATTGGGCTTTAT - 8370521 8370546 -141 -166

AtREG459 AAAAGGCCTTTT               PPDB Motif PLACE Motif

AtREG624             CTATTGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355              TATTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402               ATTGGGCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407                TTGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376                 TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365                  GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601                   GGCTTTAT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTAGGCCCAGT`		-	8370501	8370511	-121	-131
	AtREG475	`CTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG410	`AGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG384	`GGCCCAGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`AAAAGGCCTTTTCTATTGGGCTTTAT`		-	8370521	8370546	-141	-166
	AtREG459	`AAAAGGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG624	`CTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG601	`GGCTTTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None