PlantPromoterDB promoter information of AT2G19670

Summary of Gene (AT2G19670)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G19670 TAIR NCBI
Gene model	AT2G19670
Description	PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE 1A (PRMT1A); FUNCTIONS IN: protein-arginine N-methyltransferase activity; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Methyltransferase type 12 (InterPro:IPR013217); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PRMT11 (ARGININE METHYLTRANSFERASE 11); protein-arginine N-methyltransferase (TAIR:AT4G29510.1); Has 1865 Blast hits to 1845 proteins in 367 species: Archae - 34; Bacteria - 308; Metazoa - 950; Fungi - 158; Plants - 165; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 250 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 8502114-8500915)

`Genome position from initiation codon` `AT2G19670.1 TSS from cDNA TSS information AT2G19670 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G19680.1 AT2G19680.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G19670

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 8501159 -45

TSS clone peak G clone - 8501150 -36

TSS clone T clone - 8501129 -15

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	8501159	-45
TSS clone peak	`G`	clone	-	8501150	-36
TSS clone	`T`	clone	-	8501129	-15

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 26 + 8501329 AT2G19680.1, AT2G19680.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	26	+	8501329	AT2G19680.1, AT2G19680.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 8501326 AT2G19680.1, AT2G19680.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	8501326	AT2G19680.1, AT2G19680.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GCCGGTTCAA + 8501229 8501238 AT2G19680.1, AT2G19680.2

AtREG637 GCCGGTTC   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480 CCGGTTCA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG640   CGGTTCAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ATAAACCGGTTTGG + 8501252 8501265 AT2G19680.1, AT2G19680.2

AtREG598 ATAAACCG       PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 TAAACCGG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436   AAACCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG496      CCGGTTTG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG550       CGGTTTGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ATCCGGTTCGGTT + 8501275 8501287 AT2G19680.1, AT2G19680.2

AtREG561 ATCCGGTT      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579 TCCGGTTC     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423   CCGGTTCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG456    CGGTTCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451     GGTTCGGT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG556      GTTCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif