PlantPromoterDB promoter information of AT2G20360.1

Summary of Gene (AT2G20360.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G20360 TAIR NCBI
Gene model	AT2G20360.1
Description	binding / catalytic/ coenzyme binding; FUNCTIONS IN: coenzyme binding, binding, catalytic activity; INVOLVED IN: response to salt stress; LOCATED IN: mitochondrion, respiratory chain complex I, membrane; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD-dependent epimerase/dehydratase (InterPro:IPR001509), NAD(P)-binding (InterPro:IPR016040); Has 3823 Blast hits to 3821 proteins in 711 species: Archae - 40; Bacteria - 1834; Metazoa - 120; Fungi - 89; Plants - 50; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1690 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 8785070-8786269)

`Genome position from initiation codon` `AT2G20350.1 TSS from cDNA TSS information AT2G20360.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G20360.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 21 + 8786027 -43

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	21	+	8786027	-43

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 8785988 -82

TSS clone T clone + 8785995 -75

TSS clone T clone + 8786009 -61

TSS clone A clone + 8786027 -43

TSS clone C clone + 8786028 -42

TSS clone A clone + 8786029 -41

TSS clone T clone + 8786030 -40

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	8785988	-82
TSS clone	`T`	clone	+	8785995	-75
TSS clone	`T`	clone	+	8786009	-61
TSS clone	`A`	clone	+	8786027	-43
TSS clone	`C`	clone	+	8786028	-42
TSS clone	`A`	clone	+	8786029	-41
TSS clone	`T`	clone	+	8786030	-40

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTCTCCTCTTCTTCCTCTTTCTCTCTCTC + 8785995 8786026 -75 -44

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTCTCCTCTTCTTCCTCTTTCTCTCTCTC`	+	8785995	8786026	-75	-44
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGCCGTTT + 8785841 8785848 -229 -222

AtREG500 TGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TAAATGGGCTTA + 8785855 8785866 -215 -204

AtREG443 TAAATGGG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426     TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG GTGACGTGG + 8785888 8785896 -182 -174

AtREG466 GTGACGTG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG419 TGACGTGG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

REG CAAGGCCCAGGCCCATTT + 8785941 8785958 -129 -112

AtREG398 CAAGGCCC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353 AAGGCCCA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG410   AGGCCCAG         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG619       CCAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370        CAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354         AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361          GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386           GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGCCGTTT`		+	8785841	8785848	-229	-222
	AtREG500	`TGCCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TAAATGGGCTTA`		+	8785855	8785866	-215	-204
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`GTGACGTGG`		+	8785888	8785896	-182	-174
	AtREG466	`GTGACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG419	`TGACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
REG	`CAAGGCCCAGGCCCATTT`		+	8785941	8785958	-129	-112
	AtREG398	`CAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG410	`AGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG619	`CCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG370	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None