PlantPromoterDB promoter information of AT2G20410.1

Summary of Gene (AT2G20410.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G20410 TAIR NCBI
Gene model	AT2G20410.1
Description	activating signal cointegrator-related; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ASCH domain (InterPro:IPR007374); Has 193 Blast hits to 192 proteins in 83 species: Archae - 2; Bacteria - 44; Metazoa - 93; Fungi - 0; Plants - 21; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 33 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 8801561-8802760)

`Genome position from initiation codon` `AT2G20400.1 TSS from cDNA TSS information AT2G20410.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G20410.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 8802362 -199

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	8802362	-199

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 8802344 -217

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	8802344	-217

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATATAAGC + 8802334 8802341 -227 -220

Y Patch CGTCTTCT + 8802388 8802395 -173 -166

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATATAAGC`	+	8802334	8802341	-227	-220
Y Patch	`CGTCTTCT`	+	8802388	8802395	-173	-166
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGGGCCGAT + 8802069 8802077 -492 -484

AtREG393 TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG555 GGGCCGAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG GGCCTTTT + 8802099 8802106 -462 -455

AtREG459 GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG TGTGGGCCATCGGCCCACA + 8802155 8802173 -406 -388

AtREG437   TGGGCCAT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG555         ATCGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG393          TCGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG612 TGTGGGCC   GGCCCACA DREB1Aox PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG GAAGCCCATTAAG + 8802201 8802213 -360 -348

AtREG476 GAAGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372   AGCCCATT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357    GCCCATTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396     CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG604      CCATTAAG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGGGCCGAT`		+	8802069	8802077	-492	-484
	AtREG393	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG555	`GGGCCGAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`GGCCTTTT`		+	8802099	8802106	-462	-455
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TGTGGGCCATCGGCCCACA`		+	8802155	8802173	-406	-388
	AtREG437	`TGGGCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG555	`ATCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG393	`TCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG612	`TGTGGGCC GGCCCACA`	DREB1Aox	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`GAAGCCCATTAAG`		+	8802201	8802213	-360	-348
	AtREG476	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG604	`CCATTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None