PlantPromoterDB promoter information of AT2G20450.1

Summary of Gene (AT2G20450.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G20450 TAIR NCBI
Gene model	AT2G20450.1
Description	60S ribosomal protein L14 (RPL14A); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: cytosolic large ribosomal subunit, ribosome, endoplasmic reticulum, vacuole; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L14 (InterPro:IPR002784); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S ribosomal protein L14 (RPL14B) (TAIR:AT4G27090.1); Has 531 Blast hits to 531 proteins in 234 species: Archae - 58; Bacteria - 0; Metazoa - 210; Fungi - 93; Plants - 65; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 105 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 8812923-8814122)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G20450.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G20440.1 AT2G20440.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G20450.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 8813866 -57

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	8813866	-57

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 8813862 -61

TSS clone A clone + 8813866 -57

TSS clone A clone + 8813899 -24

TSS clone T clone + 8813904 -19

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	8813862	-61
TSS clone	`A`	clone	+	8813866	-57
TSS clone	`A`	clone	+	8813899	-24
TSS clone	`T`	clone	+	8813904	-19

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTTCT + 8813904 8813911 -19 -12

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTTCT`	+	8813904	8813911	-19	-12
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTAACCGAACCA + 8813683 8813695 -240 -228

AtREG645 TTTAACCG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG556    AACCGAAC   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451     ACCGAACC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG655      CCGAACCA PPDB Motif PLACE Motif

REG TTAAACCGA + 8813726 8813734 -197 -189

AtREG473 TTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TAAACGACGTC + 8813751 8813761 -172 -162

AtREG565 TAAACGAC    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG493   AACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG431    ACGACGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG TTAATGGGCCTTTAA + 8813779 8813793 -144 -130

AtREG396 TTAATGGG        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359      GGGCCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG467       GGCCTTTA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG639        GCCTTTAA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TAGTGGGCTTC + 8813800 8813810 -123 -113

AtREG532 TAGTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG510 AGTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518   GTGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG476    TGGGCTTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTAACCGAACCA`		+	8813683	8813695	-240	-228
	AtREG645	`TTTAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG655	`CCGAACCA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTAAACCGA`		+	8813726	8813734	-197	-189
	AtREG473	`TTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TAAACGACGTC`		+	8813751	8813761	-172	-162
	AtREG565	`TAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG493	`AACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG431	`ACGACGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`TTAATGGGCCTTTAA`		+	8813779	8813793	-144	-130
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG467	`GGCCTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG639	`GCCTTTAA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TAGTGGGCTTC`		+	8813800	8813810	-123	-113
	AtREG532	`TAGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG510	`AGTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`GTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG476	`TGGGCTTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None