PlantPromoterDB promoter information of AT2G20495.1

Summary of Gene (AT2G20495.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G20495 TAIR NCBI
Gene model	AT2G20495.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Serine-threonine protein kinase 19 (InterPro:IPR018865); Has 119 Blast hits to 119 proteins in 33 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 85; Fungi - 5; Plants - 17; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 12 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 8831180-8832379)

`Genome position from initiation codon` `AT2G20490.1 AT2G20490.2 TSS from cDNA TSS information AT2G20495.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G20480.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G20495.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 - 8831518 AT2G20480.1

TSS peak A 4 + 8831727 AT2G20490.1, AT2G20490.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	-	8831518	AT2G20480.1
TSS peak	`A`	4	+	8831727	AT2G20490.1, AT2G20490.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 8831723 AT2G20490.1, AT2G20490.2

TSS clone C clone + 8831725 AT2G20490.1, AT2G20490.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	8831723	AT2G20490.1, AT2G20490.2
TSS clone	`C`	clone	+	8831725	AT2G20490.1, AT2G20490.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTTATATACAC + 8831685 8831696 AT2G20490.1, AT2G20490.2

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTTATATACAC`	+	8831685	8831696	AT2G20490.1, AT2G20490.2
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GTCACGTGTGA - 8831570 8831580 AT2G20480.1

AtREG583 GTCACGTG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG628 TCACGTGT   DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG460   CACGTGTG ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG588    ACGTGTGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG GAGCCCAACT - 8831600 8831609 AT2G20480.1

AtREG533 GAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG574 AGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG607   GCCCAACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CAATGGGCCTAC - 8831618 8831629 AT2G20480.1

AtREG551 CAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358    TGGGCCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG435     GGGCCTAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG AAATGGGCTTTTT - 8831655 8831667 AT2G20480.1

AtREG386 AAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409     GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG589      GGCTTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG TCACACGTGAC + 8831570 8831580 AT2G20490.1, AT2G20490.2

AtREG588 TCACACGT    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG460 CACACGTG   ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG628   ACACGTGA DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG583    CACGTGAC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG AGTTGGGCTC + 8831600 8831609 AT2G20490.1, AT2G20490.2

AtREG607 AGTTGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG574 GTTGGGCT PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG533   TTGGGCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG GTAGGCCCATTG + 8831618 8831629 AT2G20490.1, AT2G20490.2

AtREG435 GTAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358 TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG551     GCCCATTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAAAGCCCATTT + 8831655 8831667 AT2G20490.1, AT2G20490.2

AtREG589 AAAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409 AAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372     AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386      GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif