PlantPromoterDB promoter information of AT2G20515

Summary of Gene (AT2G20515)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G20515 TAIR NCBI
Gene model	AT2G20515
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; Has 47 Blast hits to 47 proteins in 8 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 47; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 8842495-8841296)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G20515 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G20520.1 AT2G20530.1 AT2G20530.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G20515

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 8839672 -77

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	8839672	-77

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 8839623 -28

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	8839623	-28

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAGGGTA - 8839750 8839757 -155 -162

AtREG570 TAAGGGTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG AAATGACG - 8839826 8839833 -231 -238

AtREG657 AAATGACG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAGGGTA`		-	8839750	8839757	-155	-162
	AtREG570	`TAAGGGTA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`AAATGACG`		-	8839826	8839833	-231	-238
	AtREG657	`AAATGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 8842004 AT2G20530.1, AT2G20530.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	8842004	AT2G20530.1, AT2G20530.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 8841976 AT2G20530.1, AT2G20530.2

TSS clone G clone + 8841990 AT2G20530.1, AT2G20530.2

TSS clone C clone + 8842008 AT2G20530.1, AT2G20530.2

TSS clone C clone + 8842009 AT2G20530.1, AT2G20530.2

TSS clone A clone + 8842027 AT2G20530.1, AT2G20530.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	8841976	AT2G20530.1, AT2G20530.2
TSS clone	`G`	clone	+	8841990	AT2G20530.1, AT2G20530.2
TSS clone	`C`	clone	+	8842008	AT2G20530.1, AT2G20530.2
TSS clone	`C`	clone	+	8842009	AT2G20530.1, AT2G20530.2
TSS clone	`A`	clone	+	8842027	AT2G20530.1, AT2G20530.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCCTCTCTTCTCTCTTCTCC + 8842007 8842026 AT2G20530.1, AT2G20530.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCCTCTCTTCTCTCTTCTCC`	+	8842007	8842026	AT2G20530.1, AT2G20530.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GCCGTTTA + 8841814 8841821 AT2G20530.1, AT2G20530.2

AtREG613 GCCGTTTA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG CTAATGGGCCTGA + 8841899 8841911 AT2G20530.1, AT2G20530.2

AtREG558 CTAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370     TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG374      GGGCCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TTTTGGGCCCAAA + 8841919 8841931 AT2G20530.1, AT2G20530.2

AtREG529 TTTTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG422    TGGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392   TTGGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373 TTTGGGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY