PlantPromoterDB promoter information of AT2G20515

Summary of Gene (AT2G20515)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G20515 TAIR NCBI
Gene model	AT2G20515
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; Has 47 Blast hits to 47 proteins in 8 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 47; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 8847645-8846446)

`Genome position from initiation codon` `AT2G20550.1 AT2G20550.2 TSS from cDNA TSS information AT2G20515 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G20555.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G20515

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 8839672 -77

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	8839672	-77

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 8839623 -28

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	8839623	-28

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAGGGTA - 8839750 8839757 -155 -162

AtREG570 TAAGGGTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG AAATGACG - 8839826 8839833 -231 -238

AtREG657 AAATGACG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAGGGTA`		-	8839750	8839757	-155	-162
	AtREG570	`TAAGGGTA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`AAATGACG`		-	8839826	8839833	-231	-238
	AtREG657	`AAATGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 13 - 8847299 AT2G20550.1, AT2G20550.2

TSS peak A 13 - 8847296 AT2G20550.1, AT2G20550.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	13	-	8847299	AT2G20550.1, AT2G20550.2
TSS peak	`A`	13	-	8847296	AT2G20550.1, AT2G20550.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 8847311 AT2G20550.1, AT2G20550.2

TSS clone C clone - 8847309 AT2G20550.1, AT2G20550.2

TSS clone C clone - 8847302 AT2G20550.1, AT2G20550.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	8847311	AT2G20550.1, AT2G20550.2
TSS clone	`C`	clone	-	8847309	AT2G20550.1, AT2G20550.2
TSS clone	`C`	clone	-	8847302	AT2G20550.1, AT2G20550.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTCTCCC - 8847313 8847323 AT2G20550.1, AT2G20550.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTCTCCC`	-	8847313	8847323	AT2G20550.1, AT2G20550.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GTCCGGTTTG - 8847389 8847398 AT2G20550.1, AT2G20550.2

AtREG573 GTCCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 TCCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG496 CCGGTTTG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TACGTGTCT - 8847426 8847434 AT2G20550.1, AT2G20550.2

AtREG557 TACGTGTC ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG470 ACGTGTCT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

REG ACCGGAAA - 8847535 8847542 AT2G20550.1, AT2G20550.2

AtREG644 ACCGGAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif