version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G20515

Summary of Gene (AT2G20515)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G20515  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G20515  
Description unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; Has 47 Blast hits to 47 proteins in 8 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 47; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 8848345-8847146)

Genome position     
from initiation codon
AT2G20550.1         
AT2G20550.2         
AT2G20560.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT2G20515                        5'->3' (-)
Promoter sequence




 
AT2G20555.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G20515

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4-8839672-77

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone-8839623-28

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTAAGGGTA-88397508839757-155-162
 AtREG570TAAGGGTA PPDB MotifACCCT  PLACE Motif 
REGAAATGACG-88398268839833-231-238
 AtREG657AAATGACG PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG13-8847299AT2G20550.1, AT2G20550.2
TSS peakA13-8847296AT2G20550.1, AT2G20550.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-8847311AT2G20550.1, AT2G20550.2
TSS cloneCclone-8847309AT2G20550.1, AT2G20550.2
TSS cloneCclone-8847302AT2G20550.1, AT2G20550.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTTCTCTCCC-88473138847323AT2G20550.1, AT2G20550.2
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGTCCGGTTTG-88473898847398AT2G20550.1, AT2G20550.2
 AtREG573GTCCGGTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521 TCCGGTTT  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG496  CCGGTTTG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTACGTGTCT-88474268847434AT2G20550.1, AT2G20550.2
 AtREG557TACGTGTC ABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG470 ACGTGTCTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
REGACCGGAAA-88475358847542AT2G20550.1, AT2G20550.2
 AtREG644ACCGGAAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.