PlantPromoterDB promoter information of AT2G20820.1

Summary of Gene (AT2G20820.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G20820 TAIR NCBI
Gene model	AT2G20820.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; Has 28 Blast hits to 28 proteins in 8 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 28; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 8963450-8964649)

`Genome position from initiation codon` `AT2G20816.1 AT2G20820.2 TSS from cDNA TSS information AT2G20820.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G20818.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G20820.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 44 + 8964373 -77

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	44	+	8964373	-77

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 8964371 -79

TSS clone A clone + 8964374 -76

TSS clone A clone + 8964378 -72

TSS clone G clone + 8964401 -49

TSS clone A clone + 8964404 -46

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	8964371	-79
TSS clone	`A`	clone	+	8964374	-76
TSS clone	`A`	clone	+	8964378	-72
TSS clone	`G`	clone	+	8964401	-49
TSS clone	`A`	clone	+	8964404	-46

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCTCTTCCTTC + 8964356 8964369 -94 -81

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCTCTTCCTTC`	+	8964356	8964369	-94	-81
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCTGACGG + 8964258 8964265 -192 -185

AtREG622 TCTGACGG PPDB Motif PLACE Motif

REG GGCTTTTA + 8964273 8964280 -177 -170

AtREG549 GGCTTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG CAAAACGC + 8964294 8964301 -156 -149

AtREG585 CAAAACGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC

REG ACGGCGTCGTTTA + 8964309 8964321 -141 -129

AtREG540 ACGGCGTC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG537   GGCGTCGT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG439    GCGTCGTT   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415     CGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG565      GTCGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCTGACGG`		+	8964258	8964265	-192	-185
	AtREG622	`TCTGACGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGCTTTTA`		+	8964273	8964280	-177	-170
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CAAAACGC`		+	8964294	8964301	-156	-149
	AtREG585	`CAAAACGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`CAAAACGC`
REG	`ACGGCGTCGTTTA`		+	8964309	8964321	-141	-129
	AtREG540	`ACGGCGTC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG537	`GGCGTCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG439	`GCGTCGTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`CGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG565	`GTCGTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None