PlantPromoterDB promoter information of AT2G21190.1

Summary of Gene (AT2G21190.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G21190 TAIR NCBI
Gene model	AT2G21190.1
Description	ER lumen protein retaining receptor family protein; FUNCTIONS IN: ER retention sequence binding, receptor activity; INVOLVED IN: protein retention in ER lumen, protein transport; LOCATED IN: integral to membrane; EXPRESSED IN: male gametophyte, pollen tube; EXPRESSED DURING: M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ER lumen protein retaining receptor (InterPro:IPR000133); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ER lumen protein retaining receptor family protein (TAIR:AT4G38790.1); Has 626 Blast hits to 626 proteins in 164 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 264; Fungi - 114; Plants - 120; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 128 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 9079916-9081115)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G21190.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G21190.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 9080865 -51

TSS peak A 4 + 9080901 -15

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	9080865	-51
TSS peak	`A`	4	+	9080901	-15

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 9080865 -51

TSS clone T clone + 9080866 -50

TSS clone T clone + 9080869 -47

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	9080865	-51
TSS clone	`T`	clone	+	9080866	-50
TSS clone	`T`	clone	+	9080869	-47

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTGACCC + 9080589 9080596 -327 -320

AtREG592 TTTGACCC PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

REG GGGCCTAAA + 9080776 9080784 -140 -132

AtREG360 GGGCCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG430 GGCCTAAA PPDB Motif PLACE Motif

REG CCCGGCCCATTTA + 9080798 9080810 -118 -106

AtREG404 CCCGGCCC      CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG457 CCGGCCCA     CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   CGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386     GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443      CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTGACCC`		+	9080589	9080596	-327	-320
	AtREG592	`TTTGACCC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`
REG	`GGGCCTAAA`		+	9080776	9080784	-140	-132
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG430	`GGCCTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCCGGCCCATTTA`		+	9080798	9080810	-118	-106
	AtREG404	`CCCGGCCC`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG457	`CCGGCCCA`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None