PlantPromoterDB promoter information of AT2G21250.2

Summary of Gene (AT2G21250.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G21250 TAIR NCBI
Gene model	AT2G21250.2
Description	mannose 6-phosphate reductase (NADPH-dependent), putative; FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion; EXPRESSED IN: cultured cell, leaf; EXPRESSED DURING: seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldo/keto reductase (InterPro:IPR001395), Aldo/keto reductase, conserved site (InterPro:IPR018170); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: mannose 6-phosphate reductase (NADPH-dependent), putative (TAIR:AT2G21260.1); Has 13388 Blast hits to 13358 proteins in 1330 species: Archae - 187; Bacteria - 7678; Metazoa - 1798; Fungi - 1191; Plants - 907; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1627 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 9106116-9104917)

`Genome position from initiation codon` `AT2G21250.1 AT2G21260.1 TSS from cDNA TSS information AT2G21250.2 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G21250.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 9105185 -69

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	9105185	-69

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 9105186 -70

TSS clone A clone - 9105181 -65

TSS clone G clone - 9105166 -50

TSS clone A clone - 9105165 -49

TSS clone A clone - 9105142 -26

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	9105186	-70
TSS clone	`A`	clone	-	9105181	-65
TSS clone	`G`	clone	-	9105166	-50
TSS clone	`A`	clone	-	9105165	-49
TSS clone	`A`	clone	-	9105142	-26

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTTTATATAAC - 9105208 9105219 -92 -103

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTTTATATAAC`	-	9105208	9105219	-92	-103
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTATTGGGCCTAAA - 9105239 9105252 -123 -136

AtREG417 TTATTGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    TTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358     TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360      GGGCCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG430       GGCCTAAA PPDB Motif PLACE Motif

REG TACTGGGCCTAAT - 9105270 9105282 -154 -166

AtREG434 TACTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG384 ACTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG410   CTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358    TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360     GGGCCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG506      GGCCTAAT PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAACGACGT - 9105313 9105322 -197 -206

AtREG565 TAAACGAC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG493   AACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTATTGGGCCTAAA`		-	9105239	9105252	-123	-136
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG430	`GGCCTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TACTGGGCCTAAT`		-	9105270	9105282	-154	-166
	AtREG434	`TACTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG384	`ACTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG410	`CTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG506	`GGCCTAAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAAACGACGT`		-	9105313	9105322	-197	-206
	AtREG565	`TAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG493	`AACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None