PlantPromoterDB promoter information of AT2G21290.1

Summary of Gene (AT2G21290.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G21290 TAIR NCBI
Gene model	AT2G21290.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 41 Blast hits to 41 proteins in 8 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 41; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 9111888-9113087)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G21290.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G21280.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G21290.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 9112886 -2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	9112886	-2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 9112852 -36

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	9112852	-36

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAAAGGCCCTTATTGGGCTTTG + 9112752 9112774 -136 -114

AtREG639 TTAAAGGC                PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG467 TAAAGGCC               PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359   AAAGGCCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG616       GCCCTTAT          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG611          CTTATTGG       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG417           TTATTGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355            TATTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402             ATTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407              TTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376               TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG559                GGGCTTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTAAGGCCCATTTA + 9112788 9112801 -100 -87

AtREG416 TTAAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351 TAAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361     GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386      GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443       CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAAAGGCCCTTATTGGGCTTTG`		+	9112752	9112774	-136	-114
	AtREG639	`TTAAAGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG467	`TAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG616	`GCCCTTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG611	`CTTATTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG559	`GGGCTTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTAAGGCCCATTTA`		+	9112788	9112801	-100	-87
	AtREG416	`TTAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG351	`TAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 20 - 9112694 AT2G21280.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	20	-	9112694	AT2G21280.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 9112694 AT2G21280.1

TSS clone G clone - 9112693 AT2G21280.1

TSS clone T clone - 9112692 AT2G21280.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	9112694	AT2G21280.1
TSS clone	`G`	clone	-	9112693	AT2G21280.1
TSS clone	`T`	clone	-	9112692	AT2G21280.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTTCCT - 9112646 9112655 AT2G21280.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTTCCT`	-	9112646	9112655	AT2G21280.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CAAAGCCCAATAAGGGCCTTTAA - 9112752 9112774 AT2G21280.1

AtREG559 CAAAGCCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   AAGCCCAA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402    AGCCCAAT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355     GCCCAATA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417      CCCAATAA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG611       CCAATAAG          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG616          ATAAGGGC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359              GGGCCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG467               GGCCTTTA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG639                GCCTTTAA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TAAATGGGCCTTAA - 9112788 9112801 AT2G21280.1

AtREG443 TAAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351      GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG416       GGCCTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG CGTGTCAT - 9112915 9112922 AT2G21280.1

AtREG438 CGTGTCAT ABA PPDB Motif PLACE Motif