PlantPromoterDB promoter information of AT2G22660.1

Summary of Gene (AT2G22660.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G22660 TAIR NCBI
Gene model	AT2G22660.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1399 (InterPro:IPR009836); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glycine-rich protein (TAIR:AT4G37900.1); Has 14843 Blast hits to 4550 proteins in 469 species: Archae - 40; Bacteria - 5555; Metazoa - 4422; Fungi - 897; Plants - 1977; Viruses - 191; Other Eukaryotes - 1761 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 9626737-9627936)

`Genome position from initiation codon` `AT2G22660.2 TSS from cDNA TSS information AT2G22660.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G22650.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G22660.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 9627407 -330

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	9627407	-330

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 9627408 -329

TSS clone G clone + 9627410 -327

TSS clone T clone + 9627411 -326

TSS clone T clone + 9627412 -325

TSS clone T clone + 9627415 -322

TSS clone G clone + 9627421 -316

TSS clone T clone + 9627425 -312

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	9627408	-329
TSS clone	`G`	clone	+	9627410	-327
TSS clone	`T`	clone	+	9627411	-326
TSS clone	`T`	clone	+	9627412	-325
TSS clone	`T`	clone	+	9627415	-322
TSS clone	`G`	clone	+	9627421	-316
TSS clone	`T`	clone	+	9627425	-312

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CGCTATAA + 9627373 9627380 -364 -357

Y Patch CATCTCTC + 9627413 9627420 -324 -317

Y Patch TTTCTCTC + 9627432 9627439 -305 -298

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CGCTATAA`	+	9627373	9627380	-364	-357
Y Patch	`CATCTCTC`	+	9627413	9627420	-324	-317
Y Patch	`TTTCTCTC`	+	9627432	9627439	-305	-298
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AACCCGGTT + 9627114 9627122 -623 -615

AtREG516 AACCCGGT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG455 ACCCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTTAGGCCTTTT + 9627186 9627197 -551 -540

AtREG430 TTTAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG459 GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AACCCGGTT`		+	9627114	9627122	-623	-615
	AtREG516	`AACCCGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG455	`ACCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTTAGGCCTTTT`		+	9627186	9627197	-551	-540
	AtREG430	`TTTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone - 9626961 AT2G22650.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	9626961	AT2G22650.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None