PlantPromoterDB promoter information of AT2G24200.1

Summary of Gene (AT2G24200.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G24200 TAIR NCBI
Gene model	AT2G24200.1
Description	cytosol aminopeptidase; FUNCTIONS IN: manganese ion binding, metalloexopeptidase activity, aminopeptidase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, proteolysis; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal (InterPro:IPR000819), Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, N-terminal (InterPro:IPR008283), Peptidase M17, leucyl aminopeptidase (InterPro:IPR011356); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cytosol aminopeptidase family protein (TAIR:AT4G30920.1); Has 7373 Blast hits to 7371 proteins in 1220 species: Archae - 15; Bacteria - 3177; Metazoa - 613; Fungi - 19; Plants - 75; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3474 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 10290450-10289251)

`Genome position from initiation codon` `AT2G24200.2 TSS from cDNA TSS information AT2G24200.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G24200.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 55 - 10289518 -68

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	55	-	10289518	-68

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 10289524 -74

TSS clone A clone - 10289518 -68

TSS clone T clone - 10289517 -67

TSS clone T clone - 10289516 -66

TSS clone G clone - 10289515 -65

TSS clone T clone - 10289514 -64

TSS clone C clone - 10289510 -60

TSS clone G clone - 10289490 -40

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	10289524	-74
TSS clone	`A`	clone	-	10289518	-68
TSS clone	`T`	clone	-	10289517	-67
TSS clone	`T`	clone	-	10289516	-66
TSS clone	`G`	clone	-	10289515	-65
TSS clone	`T`	clone	-	10289514	-64
TSS clone	`C`	clone	-	10289510	-60
TSS clone	`G`	clone	-	10289490	-40

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTCTATATATAC - 10289547 10289559 -97 -109

Y Patch CGTCTTCC - 10289497 10289504 -47 -54

Y Patch CTTCTCCTTCT - 10289555 10289565 -105 -115

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTCTATATATAC`	-	10289547	10289559	-97	-109
Y Patch	`CGTCTTCC`	-	10289497	10289504	-47	-54
Y Patch	`CTTCTCCTTCT`	-	10289555	10289565	-105	-115
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None