PlantPromoterDB promoter information of AT2G24210.1

Summary of Gene (AT2G24210.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G24210 TAIR NCBI
Gene model	AT2G24210.1
Description	terpene synthase 10 (TPS10); FUNCTIONS IN: myrcene synthase activity, (E)-beta-ocimene synthase activity; INVOLVED IN: response to jasmonic acid stimulus, monoterpenoid biosynthetic process, response to wounding; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Terpene synthase, metal-binding domain (InterPro:IPR005630), Terpenoid synthase (InterPro:IPR008949), Terpenoid cylases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid (InterPro:IPR008930), Terpene synthase-like (InterPro:IPR001906); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATTPS-CIN (terpene synthase-like sequence-1,8-cineole); (E)-beta-ocimene synthase/ myrcene synthase (TAIR:AT3G25830.1); Has 1100 Blast hits to 1084 proteins in 139 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1097; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 10289330-10290529)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G24210.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G24200.1 AT2G24200.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G24210.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 21 + 10294304 -26

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	21	+	10294304	-26

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box AATATATATAGA + 10294271 10294282 -59 -48

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`AATATATATAGA`	+	10294271	10294282	-59	-48
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTACACGT + 10294099 10294106 -231 -224

AtREG562 GTACACGT ABA, Auxin PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTACACGT`		+	10294099	10294106	-231	-224
	AtREG562	`GTACACGT`	ABA, Auxin	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 55 - 10289518 AT2G24200.1, AT2G24200.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	55	-	10289518	AT2G24200.1, AT2G24200.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone - 10289524 AT2G24200.1, AT2G24200.2

TSS clone A clone - 10289518 AT2G24200.1, AT2G24200.2

TSS clone T clone - 10289517 AT2G24200.1, AT2G24200.2

TSS clone T clone - 10289516 AT2G24200.1, AT2G24200.2

TSS clone G clone - 10289515 AT2G24200.1, AT2G24200.2

TSS clone T clone - 10289514 AT2G24200.1, AT2G24200.2

TSS clone C clone - 10289510 AT2G24200.1, AT2G24200.2

TSS clone G clone - 10289490 AT2G24200.1, AT2G24200.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	-	10289524	AT2G24200.1, AT2G24200.2
TSS clone	`A`	clone	-	10289518	AT2G24200.1, AT2G24200.2
TSS clone	`T`	clone	-	10289517	AT2G24200.1, AT2G24200.2
TSS clone	`T`	clone	-	10289516	AT2G24200.1, AT2G24200.2
TSS clone	`G`	clone	-	10289515	AT2G24200.1, AT2G24200.2
TSS clone	`T`	clone	-	10289514	AT2G24200.1, AT2G24200.2
TSS clone	`C`	clone	-	10289510	AT2G24200.1, AT2G24200.2
TSS clone	`G`	clone	-	10289490	AT2G24200.1, AT2G24200.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTCTATATATAC - 10289547 10289559 AT2G24200.1, AT2G24200.2

Y Patch CGTCTTCC - 10289497 10289504 AT2G24200.1, AT2G24200.2

Y Patch CTTCTCCTTCT - 10289555 10289565 AT2G24200.1, AT2G24200.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTCTATATATAC`	-	10289547	10289559	AT2G24200.1, AT2G24200.2
Y Patch	`CGTCTTCC`	-	10289497	10289504	AT2G24200.1, AT2G24200.2
Y Patch	`CTTCTCCTTCT`	-	10289555	10289565	AT2G24200.1, AT2G24200.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None