PlantPromoterDB promoter information of AT2G24220.1

Summary of Gene (AT2G24220.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G24220 TAIR NCBI
Gene model	AT2G24220.1
Description	Member of a family of proteins related to PUP1, a purine transporter. May be involved in the transport of purine and purine derivatives such as cytokinins, across the plasma membrane.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 10289303-10290502)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G24220.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G24200.1 AT2G24200.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G24220.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 55 - 10289518 AT2G24200.1, AT2G24200.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	55	-	10289518	AT2G24200.1, AT2G24200.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone - 10289524 AT2G24200.1, AT2G24200.2

TSS clone A clone - 10289518 AT2G24200.1, AT2G24200.2

TSS clone T clone - 10289517 AT2G24200.1, AT2G24200.2

TSS clone T clone - 10289516 AT2G24200.1, AT2G24200.2

TSS clone G clone - 10289515 AT2G24200.1, AT2G24200.2

TSS clone T clone - 10289514 AT2G24200.1, AT2G24200.2

TSS clone C clone - 10289510 AT2G24200.1, AT2G24200.2

TSS clone G clone - 10289490 AT2G24200.1, AT2G24200.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	-	10289524	AT2G24200.1, AT2G24200.2
TSS clone	`A`	clone	-	10289518	AT2G24200.1, AT2G24200.2
TSS clone	`T`	clone	-	10289517	AT2G24200.1, AT2G24200.2
TSS clone	`T`	clone	-	10289516	AT2G24200.1, AT2G24200.2
TSS clone	`G`	clone	-	10289515	AT2G24200.1, AT2G24200.2
TSS clone	`T`	clone	-	10289514	AT2G24200.1, AT2G24200.2
TSS clone	`C`	clone	-	10289510	AT2G24200.1, AT2G24200.2
TSS clone	`G`	clone	-	10289490	AT2G24200.1, AT2G24200.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTCTATATATAC - 10289547 10289559 AT2G24200.1, AT2G24200.2

Y Patch CGTCTTCC - 10289497 10289504 AT2G24200.1, AT2G24200.2

Y Patch CTTCTCCTTCT - 10289555 10289565 AT2G24200.1, AT2G24200.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTCTATATATAC`	-	10289547	10289559	AT2G24200.1, AT2G24200.2
Y Patch	`CGTCTTCC`	-	10289497	10289504	AT2G24200.1, AT2G24200.2
Y Patch	`CTTCTCCTTCT`	-	10289555	10289565	AT2G24200.1, AT2G24200.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None