version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G24240

Summary of Gene (AT2G24240)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G24240  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G24240  
Description potassium channel tetramerisation domain-containing protein; FUNCTIONS IN: protein binding, voltage-gated potassium channel activity; INVOLVED IN: potassium ion transport; LOCATED IN: voltage-gated potassium channel complex, membrane; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat-like (InterPro:IPR011046), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation (InterPro:IPR003131), BTB/POZ-like (InterPro:IPR000210); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: potassium channel tetramerisation domain-containing protein (TAIR:AT4G30940.1); Has 748 Blast hits to 733 proteins in 85 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 614; Fungi - 2; Plants - 67; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 65 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 10313838-10315037)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT2G24240                        5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT2G24250.1         
AT2G24250.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence


 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G24240

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG4+10310614-224

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone+10310614-224
TSS cloneCclone+10310735-103

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTGTATAAATG+1031057910310588-259-250
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCGTTGGAT+1031052110310529-317-309
 AtREG554CCGTTGGA  PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG586 CGTTGGAT PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
REGAATACCCTT+1031053910310547-299-291
 AtREG567AATACCCT  PPDB MotifACCCT  PLACE Motif 
 AtREG623 ATACCCTT PPDB MotifACCCT  PLACE Motif 
REGATCCAACGG+1031056010310568-278-270
 AtREG586ATCCAACG  PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
 AtREG554 TCCAACGG PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA5-10314912AT2G24250.1, AT2G24250.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-10314920AT2G24250.1, AT2G24250.2
TSS cloneCclone-10314911AT2G24250.1, AT2G24250.2
TSS cloneGclone-10314910AT2G24250.1, AT2G24250.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATAAACCGT-1031500910315017AT2G24250.1, AT2G24250.2
 AtREG598ATAAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG652 TAAACCGT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCTTAACCGG-1031502810315036AT2G24250.1, AT2G24250.2
 AtREG605CTTAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG501 TTAACCGG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.