PlantPromoterDB promoter information of AT2G24240

Summary of Gene (AT2G24240)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G24240 TAIR NCBI
Gene model	AT2G24240
Description	potassium channel tetramerisation domain-containing protein; FUNCTIONS IN: protein binding, voltage-gated potassium channel activity; INVOLVED IN: potassium ion transport; LOCATED IN: voltage-gated potassium channel complex, membrane; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat-like (InterPro:IPR011046), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation (InterPro:IPR003131), BTB/POZ-like (InterPro:IPR000210); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: potassium channel tetramerisation domain-containing protein (TAIR:AT4G30940.1); Has 748 Blast hits to 733 proteins in 85 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 614; Fungi - 2; Plants - 67; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 65 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 10314188-10315387)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G24240 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G24250.1 AT2G24250.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G24240

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 10310614 -224

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	10310614	-224

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 10310614 -224

TSS clone C clone + 10310735 -103

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	10310614	-224
TSS clone	`C`	clone	+	10310735	-103

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TGTATAAATG + 10310579 10310588 -259 -250

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TGTATAAATG`	+	10310579	10310588	-259	-250
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGTTGGAT + 10310521 10310529 -317 -309

AtREG554 CCGTTGGA PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG586 CGTTGGAT PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG AATACCCTT + 10310539 10310547 -299 -291

AtREG567 AATACCCT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG623 ATACCCTT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG ATCCAACGG + 10310560 10310568 -278 -270

AtREG586 ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

AtREG554 TCCAACGG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGTTGGAT`		+	10310521	10310529	-317	-309
	AtREG554	`CCGTTGGA`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG586	`CGTTGGAT`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`AATACCCTT`		+	10310539	10310547	-299	-291
	AtREG567	`AATACCCT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
	AtREG623	`ATACCCTT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`ATCCAACGG`		+	10310560	10310568	-278	-270
	AtREG586	`ATCCAACG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
	AtREG554	`TCCAACGG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 5 - 10314912 AT2G24250.1, AT2G24250.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	5	-	10314912	AT2G24250.1, AT2G24250.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 10314920 AT2G24250.1, AT2G24250.2

TSS clone C clone - 10314911 AT2G24250.1, AT2G24250.2

TSS clone G clone - 10314910 AT2G24250.1, AT2G24250.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	10314920	AT2G24250.1, AT2G24250.2
TSS clone	`C`	clone	-	10314911	AT2G24250.1, AT2G24250.2
TSS clone	`G`	clone	-	10314910	AT2G24250.1, AT2G24250.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATAAACCGT - 10315009 10315017 AT2G24250.1, AT2G24250.2

AtREG598 ATAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG652 TAAACCGT PPDB Motif PLACE Motif

REG CTTAACCGG - 10315028 10315036 AT2G24250.1, AT2G24250.2

AtREG605 CTTAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG501 TTAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG AAAACGACGTCATC - 10315061 10315074 AT2G24250.1, AT2G24250.2

AtREG520 AAAACGAC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG493   AACGACGT     PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG431    ACGACGTC    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG578       ACGTCATC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT