PlantPromoterDB promoter information of AT2G25610.1

Summary of Gene (AT2G25610.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G25610 TAIR NCBI
Gene model	AT2G25610.1
Description	H+-transporting two-sector ATPase, C subunit family protein; FUNCTIONS IN: ATPase activity; INVOLVED IN: ATP synthesis coupled proton transport; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, F0/V0 complex, subunit C (InterPro:IPR002379), ATPase, V0 complex, proteolipid subunit C (InterPro:IPR000245); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: vacuolar ATP synthase, putative / V-ATPase, putative (TAIR:AT4G32530.1); Has 1596 Blast hits to 1304 proteins in 284 species: Archae - 70; Bacteria - 89; Metazoa - 650; Fungi - 323; Plants - 223; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 241 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 10903494-10902295)

`Genome position from initiation codon` `AT2G25620.1 TSS from cDNA TSS information AT2G25610.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G25610.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 10902533 -39

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	10902533	-39

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 10902549 -55

TSS clone A clone - 10902531 -37

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	10902549	-55
TSS clone	`A`	clone	-	10902531	-37

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCTCCTCC - 10902551 10902561 -57 -67

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCTCCTCC`	-	10902551	10902561	-57	-67
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGCGCGTGA - 10902605 10902613 -111 -119

AtREG381 AGCGCGTG PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG395 GCGCGTGA PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG TTCACGCGC - 10902621 10902629 -127 -135

AtREG631 TTCACGCG Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG395 TCACGCGC PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG AGGCCTATA - 10902644 10902652 -150 -158

AtREG649 AGGCCTAT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG487 GGCCTATA PPDB Motif PLACE Motif

REG AGTGGGCTATT - 10902666 10902676 -172 -182

AtREG510 AGTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG584    GGGCTATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CAAGGCCCAATAG - 10902686 10902698 -192 -204

AtREG398 CAAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353 AAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   AGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352    GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355     GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG624      CCCAATAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGCGCGTGA`		-	10902605	10902613	-111	-119
	AtREG381	`AGCGCGTG`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG395	`GCGCGTGA`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`TTCACGCGC`		-	10902621	10902629	-127	-135
	AtREG631	`TTCACGCG`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG395	`TCACGCGC`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`AGGCCTATA`		-	10902644	10902652	-150	-158
	AtREG649	`AGGCCTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG487	`GGCCTATA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AGTGGGCTATT`		-	10902666	10902676	-172	-182
	AtREG510	`AGTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG584	`GGGCTATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CAAGGCCCAATAG`		-	10902686	10902698	-192	-204
	AtREG398	`CAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG624	`CCCAATAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None