PlantPromoterDB promoter information of AT2G25830.1

Summary of Gene (AT2G25830.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G25830 TAIR NCBI
Gene model	AT2G25830.1
Description	YebC-related; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF28 (InterPro:IPR002876), Integrase, N-terminal zinc-binding domain-like (InterPro:IPR017856); Has 5804 Blast hits to 5804 proteins in 1592 species: Archae - 0; Bacteria - 3381; Metazoa - 59; Fungi - 77; Plants - 19; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2268 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 11022665-11021466)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G25830.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G25840.1 AT2G25840.2 AT2G25840.3 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G25830.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 11021698 -33

TSS clone peak A clone - 11021690 -25

TSS clone T clone - 11021689 -24

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	11021698	-33
TSS clone peak	`A`	clone	-	11021690	-25
TSS clone	`T`	clone	-	11021689	-24

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 + 11021901 AT2G25840.1, AT2G25840.3, AT2G25840.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	+	11021901	AT2G25840.1, AT2G25840.3, AT2G25840.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 11021905 AT2G25840.1, AT2G25840.3, AT2G25840.2

TSS clone A clone + 11021906 AT2G25840.1, AT2G25840.3, AT2G25840.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	11021905	AT2G25840.1, AT2G25840.3, AT2G25840.2
TSS clone	`A`	clone	+	11021906	AT2G25840.1, AT2G25840.3, AT2G25840.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTATAAACC + 11021868 11021877 AT2G25840.1, AT2G25840.2, AT2G25840.3

Y Patch TCTTCTTCTTC + 11021882 11021892 AT2G25840.1, AT2G25840.2, AT2G25840.3

Y Patch TCTCTCTC + 11021941 11021948 AT2G25840.1, AT2G25840.2, AT2G25840.3

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTATAAACC`	+	11021868	11021877	AT2G25840.1, AT2G25840.2, AT2G25840.3
Y Patch	`TCTTCTTCTTC`	+	11021882	11021892	AT2G25840.1, AT2G25840.2, AT2G25840.3
Y Patch	`TCTCTCTC`	+	11021941	11021948	AT2G25840.1, AT2G25840.2, AT2G25840.3
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CCGCGTGA + 11021827 11021834 AT2G25840.1, AT2G25840.2, AT2G25840.3

AtREG502 CCGCGTGA Drought PPDB Motif PLACE Motif