version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G25840.2

Summary of Gene (AT2G25840.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G25840  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G25840.2  
Description ovule abortion 4 (OVA4); FUNCTIONS IN: tryptophan-tRNA ligase activity, aminoacyl-tRNA ligase activity, nucleotide binding, ATP binding; INVOLVED IN: ovule development, tRNA aminoacylation for protein translation; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site (InterPro:IPR001412), Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), Tryptophanyl-tRNA synthetase, class Ib (InterPro:IPR002306), Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ib (InterPro:IPR002305); Has 6388 Blast hits to 6380 proteins in 1519 species: Archae - 60; Bacteria - 2910; Metazoa - 123; Fungi - 83; Plants - 23; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3189 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 11036624-11037823)

Genome position     
from initiation codon
AT2G25890.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT2G25840.2                      5'->3' (+)
Promoter sequence






 
AT2G25880.1         
AT2G25880.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G25840.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG8+11021901-23

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone+11021905-19
TSS cloneAclone+11021906-18

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCTTATAAACC+1102186811021877-56-47
Y PatchTCTTCTTCTTC+1102188211021892-42-32
Y PatchTCTCTCTC+11021941110219481724
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCGCGTGA+1102182711021834-97-90
 AtREG502CCGCGTGADrought PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA4+11037352AT2G25890.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone+11037410AT2G25890.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCTCCTTC+1103731411037323AT2G25890.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGACAGGCCCAGA+1103706011037070AT2G25890.1
 AtREG433ACAGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG370 CAGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG410  AGGCCCAG  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG397   GGCCCAGA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGTAAGCCCAC+1103707711037085AT2G25890.1
 AtREG426TAAGCCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG518 AAGCCCAC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGCAAGCCCA+1103712911037136AT2G25890.1
 AtREG525CAAGCCCA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGAATAGCCCAATAAG+1103714011037153AT2G25890.1
 AtREG584AATAGCCC       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG402   AGCCCAAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG355    GCCCAATA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG417     CCCAATAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG611      CCAATAAG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGACCACGTGTCA+1103719811037208AT2G25890.1
 AtREG544ACCACGTG   ABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG382 CCACGTGT  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG366  CACGTGTC ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC 
 AtREG389   ACGTGTCAABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
REGCCGCGTGA+1103724711037254AT2G25890.1
 AtREG502CCGCGTGADrought PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTCGTCGTT+1103728111037288AT2G25890.1
 AtREG648TCGTCGTT PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.