PlantPromoterDB promoter information of AT2G25940

Summary of Gene (AT2G25940)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G25940 TAIR NCBI
Gene model	AT2G25940
Description	Encodes a vacuolar processing enzyme belonging to a novel group of cysteine proteinases that is expressed in vegetative organs and is upregulated in association with various types of cell death and under stressed conditions.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 11068770-11067571)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G25940 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G25950.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G25940

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 11066071 -51

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	11066071	-51

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 11066028 -8

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	11066028	-8

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTTATAAATA - 11066097 11066106 -77 -86

Y Patch CCTTCTTC - 11066042 11066049 -22 -29

Y Patch CGTCTTCTCTCC - 11066072 11066083 -52 -63

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTTATAAATA`	-	11066097	11066106	-77	-86
Y Patch	`CCTTCTTC`	-	11066042	11066049	-22	-29
Y Patch	`CGTCTTCTCTCC`	-	11066072	11066083	-52	-63
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGCTTTTA - 11066226 11066233 -206 -213

AtREG549 GGCTTTTA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGCTTTTA`		-	11066226	11066233	-206	-213
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 + 11068730 AT2G25950.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	+	11068730	AT2G25950.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 11068657 AT2G25950.1

TSS clone A clone + 11068701 AT2G25950.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	11068657	AT2G25950.1
TSS clone	`A`	clone	+	11068701	AT2G25950.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CAAAACGCTGCG + 11068508 11068519 AT2G25950.1

AtREG585 CAAAACGC     PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC

AtREG626   AAACGCTG   PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG369     ACGCTGCG PPDB Motif PLACE Motif

REG AAACGCTGCG + 11068564 11068573 AT2G25950.1

AtREG626 AAACGCTG   PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG369   ACGCTGCG PPDB Motif PLACE Motif

REG ACGTCGTC + 11068589 11068596 AT2G25950.1

AtREG526 ACGTCGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT