PlantPromoterDB promoter information of AT2G27030.3

Summary of Gene (AT2G27030.3)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G27030 TAIR NCBI
Gene model	AT2G27030.3
Description	encodes a calmodulin that has higher affinity to kinesin-like calmodulin binding motor protein than CAM4 or CAM6.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 11531069-11532268)

`Genome position from initiation codon` `AT2G27030.1 AT2G27030.2 TSS from cDNA TSS information AT2G27030.3 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G27030.3

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 51 + 11532007 -62

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	51	+	11532007	-62

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 11532008 -61

TSS clone C clone + 11532010 -59

TSS clone A clone + 11532016 -53

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	11532008	-61
TSS clone	`C`	clone	+	11532010	-59
TSS clone	`A`	clone	+	11532016	-53

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTTTATAA + 11531975 11531983 -94 -86

Y Patch TTCCTTCT + 11531970 11531977 -99 -92

Y Patch TTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCTCTTTCTC + 11532024 11532054 -45 -15

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTTTATAA`	+	11531975	11531983	-94	-86
Y Patch	`TTCCTTCT`	+	11531970	11531977	-99	-92
Y Patch	`TTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCTCTTTCTC`	+	11532024	11532054	-45	-15
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATAAGGCCCAGT + 11531879 11531890 -190 -179

AtREG425 ATAAGGCC     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG351 TAAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG410    AGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG384     GGCCCAGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TTATTGGGCCTAATGGGCCTTTT + 11531943 11531965 -126 -104

AtREG417 TTATTGGG                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    TTGGGCCT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358     TGGGCCTA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360      GGGCCTAA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG506       GGCCTAAT          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG558          CTAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG357           TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361            AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354             ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353              TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359               GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG459                GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATAAGGCCCAGT`		+	11531879	11531890	-190	-179
	AtREG425	`ATAAGGCC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG351	`TAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG410	`AGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG384	`GGCCCAGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`TTATTGGGCCTAATGGGCCTTTT`		+	11531943	11531965	-126	-104
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG506	`GGCCTAAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG558	`CTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GAATGGGCCAA - 11531075 11531085 AT2G27020.1

AtREG643 GAATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490   ATGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484    TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG CCGTTAAA - 11531097 11531104 AT2G27020.1

AtREG610 CCGTTAAA PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR