PlantPromoterDB promoter information of AT2G27430.1

Summary of Gene (AT2G27430.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G27430 TAIR NCBI
Gene model	AT2G27430.1
Description	binding; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: armadillo/beta-catenin repeat family protein (TAIR:AT4G31890.1); Has 303 Blast hits to 301 proteins in 21 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2; Fungi - 4; Plants - 288; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 11734170-11732971)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G27430.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G27430.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 11733194 -24

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	11733194	-24

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATATATATATG - 11733220 11733230 -50 -60

Y Patch TCTTCCTCTC - 11733158 11733167 12 3

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATATATATATG`	-	11733220	11733230	-50	-60
Y Patch	`TCTTCCTCTC`	-	11733158	11733167	12	3
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTTATTGGCCC - 11733268 11733278 -98 -108

AtREG611 CTTATTGG    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG446    ATTGGCCC CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG ATTAGGCCTATA - 11733280 11733291 -110 -121

AtREG506 ATTAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG649    AGGCCTAT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG487     GGCCTATA PPDB Motif PLACE Motif

REG CTTAGGCC - 11733406 11733413 -236 -243

AtREG563 CTTAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTTATTGGCCC`		-	11733268	11733278	-98	-108
	AtREG611	`CTTATTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG446	`ATTGGCCC`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`ATTAGGCCTATA`		-	11733280	11733291	-110	-121
	AtREG506	`ATTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG649	`AGGCCTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG487	`GGCCTATA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTTAGGCC`		-	11733406	11733413	-236	-243
	AtREG563	`CTTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None