PlantPromoterDB promoter information of AT2G27590.1

Summary of Gene (AT2G27590.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G27590 TAIR NCBI
Gene model	AT2G27590.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; Has 78 Blast hits to 78 proteins in 13 species: Archae - 0; Bacteria - 16; Metazoa - 0; Fungi - 2; Plants - 12; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 48 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 11780777-11779578)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G27590.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G27590.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 11779809 -32

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	11779809	-32

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 11779809 -32

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	11779809	-32

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCTTCTTCCTC - 11779836 11779849 -59 -72

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCTTCTTCCTC`	-	11779836	11779849	-59	-72
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAGTCAA - 11779855 11779862 -78 -85

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG GGGCCTACGTGGCAT - 11779902 11779916 -125 -139

AtREG435 GGGCCTAC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG495     CTACGTGG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG413      TACGTGGC   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG379       ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG448        CGTGGCAT ABA, DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG CTAAACCGA - 11779925 11779933 -148 -156

AtREG511 CTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTTGACCC - 11779944 11779951 -167 -174

AtREG592 TTTGACCC PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

REG AAAACCGGT - 11779953 11779961 -176 -184

AtREG542 AAAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436 AAACCGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CCGAACCA - 11779965 11779972 -188 -195

AtREG655 CCGAACCA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAGTCAA`		-	11779855	11779862	-78	-85
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`GGGCCTACGTGGCAT`		-	11779902	11779916	-125	-139
	AtREG435	`GGGCCTAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG495	`CTACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG413	`TACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG379	`ACGTGGCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG448	`CGTGGCAT`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`CTAAACCGA`		-	11779925	11779933	-148	-156
	AtREG511	`CTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTTGACCC`		-	11779944	11779951	-167	-174
	AtREG592	`TTTGACCC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`
REG	`AAAACCGGT`		-	11779953	11779961	-176	-184
	AtREG542	`AAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`AAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CCGAACCA`		-	11779965	11779972	-188	-195
	AtREG655	`CCGAACCA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None