version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G28000

Summary of Gene (AT2G28000)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G28000  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G28000  
Description Encodes chaperonin-60 alpha, a molecular chaperone involved in Rubisco folding. Mutants display aberrant chloroplast and embryo development.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 11925603-11926802)

Genome position     
from initiation codon
AT2G28000.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT2G28000                        5'->3' (+)
Promoter sequence






 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G28000

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA42+11926523-80

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone+11926519-84
TSS cloneCclone+11926520-83
TSS cloneAclone+11926521-82
TSS cloneCclone+11926524-79
TSS cloneTclone+11926525-78
TSS cloneTclone+11926527-76
TSS cloneGclone+11926530-73
TSS cloneTclone+11926531-72
TSS cloneTclone+11926532-71
TSS cloneAclone+11926565-38

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTCTCC+1192648211926489-121-114
Y PatchCCTCCTCC+1192651211926519-91-84
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTATTGGGCCATA+1192636011926372-243-231
 AtREG417TTATTGGG      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG355 TATTGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352  ATTGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG420   TTGGGCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG437    TGGGCCAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG479     GGGCCATA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGACAGGCCCATA+1192638611926396-217-207
 AtREG433ACAGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG370 CAGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354  AGGCCCAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG364   GGCCCATA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.