PlantPromoterDB promoter information of AT2G28550

Summary of Gene (AT2G28550)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G28550 TAIR NCBI
Gene model	AT2G28550
Description	RELATED TO AP2.7 (RAP2.7); FUNCTIONS IN: transcription factor activity, DNA binding; INVOLVED IN: organ morphogenesis, regulation of transcription, DNA-dependent, vegetative to reproductive phase transition; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 15 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding, integrase-type (InterPro:IPR016177), Pathogenesis-related transcriptional factor and ERF, DNA-binding (InterPro:IPR001471); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TOE2; DNA binding / transcription factor (TAIR:AT5G60120.1); Has 3106 Blast hits to 2890 proteins in 180 species: Archae - 0; Bacteria - 10; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 3041; Viruses - 7; Other Eukaryotes - 48 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 12229251-12228052)

`Genome position from initiation codon` `AT2G28550.1 AT2G28550.2 TSS from cDNA TSS information AT2G28550 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G28550

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 44 - 12228544 -293

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	44	-	12228544	-293

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 12228539 -288

TSS clone T clone - 12228538 -287

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	12228539	-288
TSS clone	`T`	clone	-	12228538	-287

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTATAAATA - 12228570 12228578 -319 -327

Y Patch TCTTCTTCTCC - 12228506 12228516 -255 -265

Y Patch TCTCCTTCT - 12228518 12228526 -267 -275

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTATAAATA`	-	12228570	12228578	-319	-327
Y Patch	`TCTTCTTCTCC`	-	12228506	12228516	-255	-265
Y Patch	`TCTCCTTCT`	-	12228518	12228526	-267	-275
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGGTATA - 12228673 12228680 -422 -429

AtREG629 CCGGTATA PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAACCGGAAA - 12228690 12228700 -439 -449

AtREG542 AAAACCGG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 AAACCGGA   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG534   AACCGGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG644    ACCGGAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGGTATA`		-	12228673	12228680	-422	-429
	AtREG629	`CCGGTATA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAAACCGGAAA`		-	12228690	12228700	-439	-449
	AtREG542	`AAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`AAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG534	`AACCGGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG644	`ACCGGAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None